データセット ID
JGAD001047
- データの種類
- NGS（ChIP-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 38.0 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BED
- 研究
- hum0556
- 公開日
- 2026-06-24
- 更新日
- 2026-06-24
- DDBJ Search
- JGAD001047 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000903 (新しいタブで開きます)
解析手法
ChIP-seq
- 材料と対象者
- 肺がん（ICD10：C349）：17症例
腫瘍組織（FFPE）：24検体 - 健康状態罹患
- 対象者数17 (人数)
- 疾患
- 肺がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体（H3K27ac）を用いて免疫沈降
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- ThruPLEX DNA-Seq Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Bioruptor）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 50 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- Bowtie2
- QC・フィルタリング
- ・トリミング Trimmomatic（TruSeq3アダプター除去、4塩基平均クオリティ < 20で切断、リード長 < 36のリードを除去）
・マッピング後フィルタ Samtools（MAPQ < 20のリードを除去） - 解析方法
- MACS2