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NBDC ヒトデータベース
JGAD001047
公開日
2026-06-24

更新日
2026-06-24

研究
hum0556

データの種類
NGS(ChIP-seq)

アクセス制限
制限公開(Type I)

JGA Study
JGAS000903

解析手法

ChIP-seq

材料と対象者

肺がん(ICD10: C349): 17症例 腫瘍組織(FFPE): 24検体

実験方法

ChIP-seq

プラットフォーム

Illumina [HiSeq 2500]

試料説明

腫瘍組織から抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体(H3K27ac)を用いて免疫沈降

ライブラリ構築

ThruPLEX DNA-Seq Kit

断片化

超音波断片化(Bioruptor)

リードタイプ

Single-end

リード長

50 bp

解析方法

MACS2

フィルタリング

・トリミング Trimmomatic(TruSeq3アダプター除去、4塩基平均クオリティ < 20で切断、リード長 < 36のリードを除去) ・マッピング後フィルタ Samtools(MAPQ < 20のリードを除去)

マッピング

Bowtie2

リファレンス配列

hg19/GRCh37

JGAデータセットAccession
総データ量

38 GB(fastq、bed)

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