データセット ID
JGAD001017
- データの種類
- QTL（量的形質遺伝子座）表現型マトリックス
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 42.3 MB
- ファイル形式
- TXT
- GZIP
- 研究
- hum0541
- 公開日
- 2026-06-03
- 更新日
- 2026-06-03
- DDBJ Search
- JGAD001017 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000874 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| 63phenotypes.xlsx | 63の表現型 | 11.7 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- バイオバンク・ジャパン（BBJ）第一コホート：176,894名
- 対象者数176,894
- コホートBioBank Japan
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - QC・フィルタリング
- Sample QC：以下のサンプルを除外
（1） Sample call rate < 0.98
（2） 性別の不一致
（3） 非東アジア系
（4） 参照パネルと同じサンプル
Variant QC：以下のバリアントを除外
（1） variant call rate < 0.99
（2） number of heterozygotes < 5
（3） Hardy-Weinberg equilibrium（P < 1 × 10−6）
（4） palindromic variants - インピュテーション
- haplotype phasing: SHAPEIT2(v.2.837)
imputation: Minimac4(v.1.0.0) - 解析方法
- genotyping: GenomeStudio(v2.0.5)
- バリアント数
- 15,907,072 SNVs