データセット ID
JGAD001009
- データの種類
- 発作性心房細動のGWAS統計情報
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 972 MB
- ファイル形式
- CSV
- DOCX
- 研究
- hum0495
- 公開日
- 2026-03-03
- 更新日
- 2026-03-03
- DDBJ Search
- JGAD001009 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000866 (新しいタブで開きます)
解析手法
Genotyping by array (GWAS)
- 材料と対象者
- PAF（ICD10：I48.0）：1,038症例
非PAF（対照）：744名 - 健康状態混在
- 対象者数1782 (人数)
- 疾患
- PAF
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Infinium Asian Screening Array Kit
- プラットフォーム
- Illumina Infinium Asian Screening Array
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- Sample QC：以下のサンプルを除外
（1） Sample call rate < 0.97
（2） 性別の不一致
（3） 血縁関係者（PI_HAT が 0.185を超えるサンプル）
（4） 挿入/欠失比、データ量、ヘテロ接合性/ホモ接合性比に基づき外れた値（ > mean ± 3SD）のサンプル
（5） 1000ゲノムプロジェクトのサンプルを用いた主要コンポーネント分析における東アジアクラスターから外れたサンプル
Variant QC：以下のバリアントを除外
（1） variant call rate < 0.95
（2） Hardy-Weinberg equilibrium P >1.0 × 10−6
（3） minor allele frequency < 0.01
（4） 常染色体以外のバリアント
Post-imputation QC：
（1） minor allele frequency < 0.01
（2） imputation score (Rsq) < 0.3 - インピュテーション
- haplotype phasing: SHAPEIT2
imputation: Minimac3
Imputation reference: 1000 Genomes panel - 解析方法
- genotyping: GenomeStudio
- バリアント数
- 8,094,202 SNVs
- 加工データの種類
- GWAS 要約統計量
- 表現型データの有無
- あり