2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2026-03-03
- 更新日
- 2026-03-03
- 研究
- hum0495
- データの種類
- 発作性心房細動のGWAS統計情報
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000866
解析手法
Genotyping by array (GWAS)
- 材料と対象者
PAF(ICD10: I48.0): 1,038症例 非PAF(対照): 744名
- 実験方法
genome wide SNPs
- プラットフォーム
Illumina [Infinium Asian Screening Array]
- 試料説明
末梢血から抽出したDNA
- 試薬
Infinium Asian Screening Array-24 v1.0 BeadChip
- 解析方法
genotyping: GenomeStudio haplotype phasing: SHAPEIT2 imputation: Minimac3 Imputation reference: 1000 Genomes panel
- フィルタリング
Sample QC: 以下のサンプルを除外 (1) Sample call rate < 0.97 (2) 性別の不一致 (3) 血縁関係者(PI_HAT が 0.185を超えるサンプル) (4) 挿入/欠失比、データ量、ヘテロ接合性/ホモ接合性比に基づき外れた値( > mean ± 3SD)のサンプル (5) 1000ゲノムプロジェクトのサンプルを用いた主要コンポーネント分析における東アジアクラスターから外れたサンプル Variant QC: 以下のバリアントを除外 (1) variant call rate < 0.95 (2) Hardy-Weinberg equilibrium P >1.0 × 10−6 (3) minor allele frequency < 0.01 (4) 常染色体以外のバリアント Post-imputation QC: (1) minor allele frequency < 0.01 (2) imputation score (Rsq) < 0.3
- バリアント数
8,094,202 SNVs
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
971.9 MB(csv)
- 利用ポリシー