データセット ID
JGAD001006
- データの種類
- NGS（Target Capture、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 435 KB
- ファイル形式
- XLSX
- 研究
- hum0548
- 公開日
- 2026-02-05
- 更新日
- 2026-02-05
- DDBJ Search
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- JGA Study
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このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| ACTOnco_ | ACTOnco Comprehensive 440-Gene Cancer Panel | 20.2 KB |
解析手法
Targeted DNA sequencing + RNA-seq
- 材料と対象者
- 成人固形がん（ICD10：C162、C169、C163、C160、C158、C161、C221、C251、C254、C220、C253、C250、D377、C240、C252、C787、C182、D137、C480、C788、C19、C170、C20、C23、C241、D376、D372、C171、J690、C187、C258、C64、C259、C248、C060、C029、C030、C031、C439、D480、C049、C062、C310、D370、C091、C050、C081、C080、D165、C151、C150、C159、C155、C153、C152、C12、C021、C040、C312、C01、C131、C73、C321、C300、C07、C041、D385、C311、D355、C490、C020、C102、C320、H618、C186、C189、C184、C180、C211、C181、C504、C505、C509、C500、C502、C503、C569、C501、D486、C508、C341、C343、C450、D487、C349、C342、C80、C33、D383、C629、C66、C675、D401、D350、C61、C541、C539、C56、C549、C482、C542、C530）：1,996症例
腫瘍組織（病理組織検体、通常診療の診断時の生検、細胞診サンプルのFFPE検体）：1,996検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1996 (人数)
- 年齢層成人
- 疾患
- 成人固形がん
- 試料説明
- 腫瘍組織より抽出したDNAおよびRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
Targeted DNA sequencing - 測定対象
- ACTOnco Comprehensive 440-Gene Cancer Panel（440遺伝子＋31融合遺伝子）
- 試薬キット
- Ion AmpliSeq Library Kit
- 断片化
- Amplicon PCR
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion Proton
- リードタイプ
- シングルエンド
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- 【DNA】Ion Torrent Suite
【RNA】ACT SOP に準拠 - マッピング品質
- 【DNA】変異レベルでカバレッジフィルタ適用
【RNA】ACT SOP に準拠 - カバレッジ (深度)
- NGSシーケンスの平均深度: 500x (以上)
総深度: 20,000x (以上) - 加工データの種類
- Clinical characteristics
CNV summary
Fusion summary
Variant summary - 表現型データの有無
- あり