2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2026-02-05
- 更新日
- 2026-02-05
- 研究
- hum0548
- データの種類
- NGS(Target Capture, RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000863
解析手法
Targeted DNA sequencing + RNA-seq
- 材料と対象者
成人固形がん(ICD10: C162、C169、C163、C160、C158、C161、C221、C251、C254、C220、C253、C250、D377、C240、C252、C787、C182、D137、C480、C788、C19、C170、C20、C23、C241、D376、D372、C171、J690、C187、C258、C64、C259、C248、C060、C029、C030、C031、C439、D480、C049、C062、C310、D370、C091、C050、C081、C080、D165、C151、C150、C159、C155、C153、C152、C12、C021、C040、C312、C01、C131、C73、C321、C300、C07、C041、D385、C311、D355、C490、C020、C102、C320、H618、C186、C189、C184、C180、C211、C181、C504、C505、C509、C500、C502、C503、C569、C501、D486、C508、C341、C343、C450、D487、C349、C342、C80、C33、D383、C629、C66、C675、D401、D350、C61、C541、C539、C56、C549、C482、C542、C530): 1,996症例 腫瘍組織(病理組織検体、通常診療の診断時の生検、細胞診サンプルのFFPE検体): 1,996検体
- 実験方法
Target Capture、RNA-seq
- ターゲット
ACTOnco Comprehensive 440-Gene Cancer Panel(440遺伝子＋31融合遺伝子)
- プラットフォーム
Life Technologies [Ion Proton]
- 試料説明
腫瘍組織より抽出したDNAおよびRNA
- ライブラリ構築
Ion AmpliSeq Library Kit (Thermo Fisher Scientific)
- 断片化
Amplicon PCR
- リードタイプ
【DNA】Single-end 【RNA】ACT SOP に準拠
- リード長
ACT SOP に準拠
- マッピング
【DNA】Ion Torrent Suite 【RNA】ACT SOP に準拠
- マッピング品質
【DNA】変異レベルでカバレッジフィルタ適用 【RNA】ACT SOP に準拠
- リファレンス配列
【DNA】GRCh37(hg19) 【RNA】融合DB等を参照。ACT SOPに準拠
- カバレッジ
【DNA】 NGS Sequencing Mean Depth ≥ 500× 【RNA】 Total depth ≥ 20,000× RNA process controls ≥ 6
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
435.5 KB(サマリーデータ: xlsx)
- 利用ポリシー