2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2026-04-09
- 更新日
- 2026-04-09
- 研究
- hum0536
- データの種類
- NGS(WGS, scRNA-seq, ATAC-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000859
解析手法
WGS
- 材料と対象者
胸膜中皮腫(ICD10: C45.0): 1症例 腫瘍組織: 2検体
- 実験方法
WGS
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Illumina PCR-Free Prep Kit
- 断片化
Transposome-mediated on-bead tagmentation
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp x 2
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
680.3 GB(fastq)
- 利用ポリシー
scRNA-seq
- 材料と対象者
胸膜中皮腫(ICD10: C45.0): 1症例 腫瘍組織: 1検体 上記症例の腫瘍組織を移植した2匹のXenograft腫瘍モデル(PDX)において形成された腫瘍組織: 2検体(介入: Ly6G、非介入: Isotype)
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織およびPDX腫瘍組織より酵素処理にて分離した細胞から抽出したRNA
- ライブラリ構築
Chromium Single Cell 5′ Reagent Kits v2 Dual Index、Library Construction Kit
- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
Read1: 26 bp、Read2: 90bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
680.3 GB(fastq)
- 利用ポリシー
ATAC-seq
- 材料と対象者
胸膜中皮腫(ICD10: C45.0): 1症例 上記症例由来の細胞株: 2検体
- 実験方法
ATAC-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
細胞株より抽出したDNA
- ライブラリ構築
ATAC-Seq Kit(Active Motif)
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp x 2
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
680.3 GB(fastq)
- 利用ポリシー