データセット ID
JGAD001002
- データの種類
- NGS（WGS、scRNA-seq、ATAC-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 680 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0536
- 公開日
- 2026-04-09
- 更新日
- 2026-04-09
- DDBJ Search
- JGAD001002 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000859 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 胸膜中皮腫（ICD10：C45.0）：1症例
腫瘍組織：2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (混在)
- 疾患
- 胸膜中皮腫
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Illumina DNA PCR-Free Prep
- 断片化
- Transposome-mediated on-bead tagmentation
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 胸膜中皮腫（ICD10：C45.0）：1症例
腫瘍組織：1検体
上記症例の腫瘍組織を移植した2匹のXenograft腫瘍モデル（PDX）において形成された腫瘍組織：2検体（介入：Ly6G、非介入：Isotype） - 健康状態罹患
- 対象者数1 (混在)
- 疾患
- 胸膜中皮腫
- 試料説明
- 腫瘍組織およびPDX腫瘍組織より酵素処理にて分離した細胞から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- Read1: 26 bp
Read2: 90 bp
ATAC-seq
- 材料と対象者
- 胸膜中皮腫（ICD10：C45.0）：1症例
上記症例由来の細胞株：2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (混在)
- 疾患
- 胸膜中皮腫
- 試料説明
- 細胞株より抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- Patient-derived cell line
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ATAC-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- ATAC-Seq Kit
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp