データセット ID
JGAD000986
- データの種類
- NGS（ATAC-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 69.4 GB
- ファイル形式
- BAM
- 研究
- hum0535
- 公開日
- 2025-10-20
- 更新日
- 2025-10-20
- DDBJ Search
- JGAD000986 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000844 (新しいタブで開きます)
解析手法
ATAC-seq
- 材料と対象者
- 乾癬（ICD10：L40）：6症例
病変皮膚：6検体
臨床的治癒皮膚：6検体
健常皮膚：5検体 - 健康状態罹患
- 対象者数6 (人数)
- 疾患
- 乾癬
- 試料説明
- 皮膚検体から分離した表皮ケラチノサイトより抽出したDNA
- 組織Keratinocyte、皮膚
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ATAC-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits
- 断片化
- Tn5 transposase-mediated tagmentation
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- QC・フィルタリング
- Bioanalyzer、FastQC
- 解析方法
- FastQC、Bowtie2、MACS2