2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2025-09-01
- 更新日
- 2025-09-01
- 研究
- hum0521
- データの種類
- NGS(scRNA-seq、scBCR-seq、scTCR-seq、CITE-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000827
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
子宮体がん(ICD10: C549): 10症例 腫瘍組織より分離したB細胞: 10症例11検体 (10症例のうち1症例は2回のscRNA-seqデータ取得) 腫瘍組織より分離したT細胞: 5症例5検体 遺伝性乳がん卵巣がん症候群(ICD10: R798): 1症例 正常子宮組織より分離したB細胞: 1症例1検体 正常子宮組織より分離したT細胞: 1症例1検体
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
子宮検体より分離したB細胞およびT細胞
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1 または 5' v2
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- 解析方法
Cell Ranger v5.0.1
- フィルタリング
Cell Ranger v5.0.1
- マッピング
Cell Ranger v5.0.1
- リファレンス配列
GRCh38-3.0.0
- JGAデータセットAccession
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
1.2 TB(fastq、csv)
- 利用ポリシー
scBCR-seq
- 材料と対象者
子宮体がん(ICD10: C549): 4症例 腫瘍組織より分離したB細胞: 4症例4検体 遺伝性乳がん卵巣がん症候群(ICD10: R798): 1症例 正常子宮組織より分離したB細胞: 1症例1検体
- 実験方法
scBCR-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
子宮検体より分離したB細胞
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- 解析方法
Cell Ranger v5.0.1
- フィルタリング
Cell Ranger v5.0.1
- マッピング
Cell Ranger v5.0.1
- リファレンス配列
refdata-cellranger-vdj-GRCh38-alts-ensembl-5.0.0
- JGAデータセットAccession
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
1.2 TB(fastq、csv)
- 利用ポリシー
scTCR-seq
- 材料と対象者
子宮体がん(ICD10: C549): 5症例 腫瘍組織より分離したT細胞: 5症例5検体 遺伝性乳がん卵巣がん症候群(ICD10: R798): 1症例 正常子宮組織より分離したT細胞: 1症例1検体
- 実験方法
scTCR-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
子宮検体より分離したT細胞
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- 解析方法
Cell Ranger v5.0.1
- フィルタリング
Cell Ranger v5.0.1
- マッピング
Cell Ranger v5.0.1
- リファレンス配列
refdata-cellranger-vdj-GRCh38-alts-ensembl-5.0.0
- JGAデータセットAccession
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
1.2 TB(fastq、csv)
- 利用ポリシー
CITE-seq
- 材料と対象者
子宮体がん(ICD10: C549): 6症例 腫瘍組織より分離したB細胞: 6症例6検体 腫瘍組織より分離したT細胞: 5症例5検体
- 実験方法
CITE-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
子宮検体より分離したB細胞およびT細胞
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1 または 5' v2；BioLegend TotalSeq-B または -C
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- 解析方法
Cell Ranger v5.0.1
- フィルタリング
Cell Ranger v5.0.1
- マッピング
Cell Ranger v5.0.1
- JGAデータセットAccession
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
1.2 TB(fastq、csv)
- 利用ポリシー