データセット ID

JGAD000969

Name: JGAD000969: NGS（scRNA-seq、scBCR-seq、scTCR-seq、CITE-seq）
Published: 2025-09-01

解析手法

材料と対象者: 子宮体がん（ICD10：C549）：10症例
腫瘍組織より分離したB細胞：10症例11検体
（10症例のうち1症例は2回のscRNA-seqデータ取得）
腫瘍組織より分離したT細胞：5症例5検体
遺伝性乳がん卵巣がん症候群（ICD10：R798）：1症例
正常子宮組織より分離したB細胞：1症例1検体
正常子宮組織より分離したT細胞：1症例1検体; 健康状態
罹患
対象者数
18 (検体数)
疾患: 子宮体がん
遺伝性乳がん卵巣がん症候群
試料説明: 子宮検体より分離したB細胞およびT細胞; 組織
B 細胞、T 細胞、子宮
腫瘍 / 非腫瘍
混在
試料の入手元: N/A
実験方法: scRNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: N/A
参照ゲノム: GRCh38
マッピング: Cell Ranger v5.0.1
QC・フィルタリング: Cell Ranger v5.0.1
解析方法: Cell Ranger v5.0.1
遺伝子数: N/A
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 子宮体がん（ICD10：C549）：4症例
腫瘍組織より分離したB細胞：4症例4検体
遺伝性乳がん卵巣がん症候群（ICD10：R798）：1症例
正常子宮組織より分離したB細胞：1症例1検体; 健康状態
罹患
対象者数
5 (人数)
疾患: 子宮体がん
遺伝性乳がん卵巣がん症候群
試料説明: 子宮検体より分離したB細胞; 組織
B 細胞、子宮
腫瘍 / 非腫瘍
混在
試料の入手元: N/A
実験方法: BCR-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: N/A
参照ゲノム: GRCh38
マッピング: Cell Ranger v5.0.1
QC・フィルタリング: Cell Ranger v5.0.1
解析方法: Cell Ranger v5.0.1
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 子宮体がん（ICD10：C549）：5症例
腫瘍組織より分離したT細胞：5症例5検体
遺伝性乳がん卵巣がん症候群（ICD10：R798）：1症例
正常子宮組織より分離したT細胞：1症例1検体; 健康状態
罹患
対象者数
6 (人数)
疾患: 子宮体がん
遺伝性乳がん卵巣がん症候群
試料説明: 子宮検体より分離したT細胞; 組織
T 細胞、子宮
腫瘍 / 非腫瘍
混在
試料の入手元: N/A
実験方法: TCR-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: N/A
参照ゲノム: GRCh38
マッピング: Cell Ranger v5.0.1
QC・フィルタリング: Cell Ranger v5.0.1
解析方法: Cell Ranger v5.0.1
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 子宮体がん（ICD10：C549）：6症例
腫瘍組織より分離したB細胞：6症例6検体
腫瘍組織より分離したT細胞：5症例5検体; 健康状態
罹患
対象者数
11 (検体数)
疾患: 子宮体がん
試料説明: 子宮検体より分離したB細胞およびT細胞; 組織
B 細胞、T 細胞、子宮
腫瘍 / 非腫瘍
腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: CITE-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
TotalSeq-B
TotalSeq-C
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: N/A
参照ゲノム: N/A
マッピング: Cell Ranger v5.0.1
QC・フィルタリング: Cell Ranger v5.0.1
解析方法: Cell Ranger v5.0.1
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)