データセット ID
JGAD000965
- データの種類
- NGS（Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 3.7 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- VCF
- 研究
- hum0527
- 公開日
- 2025-08-06
- 更新日
- 2025-08-06
- DDBJ Search
- JGAD000965 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000823 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 子宮頸部・膣部の濾胞性リンパ腫（ICD10：C82.9）：1症例
子宮頸部腫瘤凍結検体（腫瘍組織）：1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 子宮頸部・膣部の濾胞性リンパ腫
- 試料説明
- 子宮頸部腫瘤（腫瘍組織）から抽出したDNA
- 組織子宮頸部
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq X Plus
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- BWA-MEM（バージョン 0.7.17-r1188）
- マッピング品質
- マッピング率 99.97%
- QC・フィルタリング
- FastQCによるシーケンス品質評価、Trimmomaticによる低品質リードおよびアダプターの除去、Picardによる重複リード除去、GATK（Mutect2）およびFilterMutectCallsによる変異フィルタリングを実施した。