データセット ID

JGAD000960

Name: JGAD000960: 健常者 3 名の CD4+ / CD3+ T 細胞に対する LEF1 ノックダウン後の bulk RNA-seq / bulk ATAC-seq / scCITE-seq データ。
Published: 2025-07-31

データの種類: 健常者 3 名の CD4+ / CD3+ T 細胞に対する LEF1 ノックダウン後の bulk RNA-seq / bulk ATAC-seq / scCITE-seq データ。
アクセス制限: 制限公開（Type I）
総データ量: 632 GB
ファイル形式: FASTQ
TSV
MTX
HDF5
研究: hum0512
公開日: 2025-07-31
更新日: 2025-10-27
DDBJ Search: JGAD000960 (新しいタブで開きます)
JGA Study: JGAS000818 (新しいタブで開きます)

解析手法

材料と対象者: 健常者：3名
単離したCD4+ T細胞をCD3/CD28で活性化した上でIL-2培地にて培養後、LEF1 siRNAもしくはコントロールsiRNAによりノックダウン後、24時間後、48時間後、72時間後の1サンプルずつ合計18サンプル; 健康状態
健常
対象者数
3 (人数)
年齢層
成人
試料説明: CD4+ T細胞より抽出したRNA; 組織
CD4 陽性 T 細胞
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: RNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Nextera XT DNA Library Prep Kit
SMART-Seq mRNA
断片化: Nextera XT
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 100 bp
参照ゲノム: GRCh38
QC・フィルタリング: FastQC for raw reads; Nextera adapter trimming (min 20bp);
RNASeQC2 for alignment metrics
解析方法: STAR（v2.7.9a）
RNA-SeQC2（v2.4.2）
表現型データの有無: なし
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 健常者：3名
単離したCD4+ T細胞をCD3/CD28で活性化した上でIL-2培地にて培養後、LEF1 siRNAもしくはコントロールsiRNAによりノックダウン後、24時間後、48時間後、72時間後の1サンプルずつ合計18サンプル; 健康状態
健常
対象者数
3 (人数)
年齢層
成人
試料説明: CD4+ T細胞より抽出したDNA; 組織
CD4 陽性 T 細胞
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: ATAC-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Nextera XT Index Kit v2
断片化: Tn5 tagmentation with Nextera kit
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 100 bp
参照ゲノム: GRCh38
QC・フィルタリング: FastQC for raw reads; Nextera adapter trimming (min 20bp);
BAM filtering (samtools -F 1804 -f 2 -q 30);
Blacklist removal;
MACS2 peak calling (q<0.05);
ATACseqQC TSS enrichment score; ataqv metrics;
解析方法: Bowtie2（v2.2.6）
MACS2（v2.2.7.1）
表現型データの有無: なし
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 健常者：3名
単離したCD3+ T細胞をCD3/CD28で活性化した上でIL-2培地にて培養後、LEF1 siRNAもしくはコントロールsiRNAによりノックダウン後、48時間後、72時間後の1サンプルずつ合計12サンプル（3名をプールして実施）; 健康状態
健常
対象者数
3 (人数)
年齢層
成人
試料説明: CD3+ T細胞より抽出した細胞表面タンパク質とpolyA RNA; 組織
CD3+ T cell
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: CITE-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
断片化: Standard protocol of 10x Genomics
プラットフォーム: 10x Genomics Chromium
Illumina NovaSeq X Plus
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 151 bp
参照ゲノム: GRCh38
QC・フィルタリング: detected genes, UMI counts, mitochondrial gene percentage,
doublet detection
解析方法: Cell Ranger 7.0.1
表現型データの有無: なし
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)