2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2025-11-26
- 更新日
- 2025-11-26
- 研究
- hum0401
- データの種類
- NGS(Exome、RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000807
解析手法
WES
- 材料と対象者
【JGAS000618】 悪性骨巨細胞腫(ICD10: C419): 1症例 腫瘍組織(2回目手術検体): 1検体 腫瘍組織(3回目手術検体): 1検体 腫瘍組織のオルガノイドを移植したxenograftの腫瘍組織: 1検体 【JGAS000834】 軟骨肉腫(ICD10: C499): 2症例 腫瘍組織: 1検体 腫瘍細胞をAir-liquid interface法で培養後NSGマウスに移植して形成された腫瘍組織(ODX): 1検体 合計: 4検体 【JGAS000807】 組織球肉腫(ICD10: C499): 1症例 腫瘍組織: 1検体 非腫瘍組織(筋組織): 1検体 ODX: 1検体
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000/X Plus]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
超音波断片化 (Covaris)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
組織球肉腫: JGAD000949
- 総データ量
JGAD000747: 69.2 GB(fastq) JGAD000976: 47.9 GB(fastq) JGAD000949: 31.4 GB(fastq)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
【JGAS000834】 軟骨肉腫(ICD10: C499): 2症例 腫瘍組織: 1検体 非腫瘍組織(筋組織): 1検体 腫瘍細胞をAir-liquid interface法で培養後NSGマウスに移植して形成された腫瘍組織(ODX): 1検体 合計: 6検体 【JGAS000807】 組織球肉腫(ICD10: C499): 1症例 腫瘍組織: 1検体 非腫瘍組織(筋組織): 1検体 ODX: 2検体 合計: 4検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000/X Plus]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEBNext® Ultra II Directional RNA Library Prep Kit
- 断片化
化学的断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
組織球肉腫: JGAD000949
- 総データ量
JGAD000976: 47.9 GB(fastq) JGAD000949: 31.4 GB(fastq)
- 利用ポリシー