データセット ID
JGAD000931
- データの種類
- NGS（Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 6.4 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- BAI
- 研究
- hum0030
- 公開日
- 2025-07-09
- 更新日
- 2025-07-09
- DDBJ Search
- JGAD000931 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000789 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 卵巣がん（ICD10：C56, D391）：189症例（腫瘍組織190検体、非腫瘍組織189検体）
卵巣がんの内訳は以下の通りです。
卵巣高異型度漿液性がん：161症例（腫瘍組織162検体、非腫瘍組織161検体）
卵巣類内膜がん：5症例（腫瘍組織5検体、非腫瘍組織5検体）
卵巣がん肉腫：2症例（腫瘍組織2検体、非腫瘍組織2検体）
卵巣脱分化がん：2症例（腫瘍組織2検体、非腫瘍組織2検体）
卵巣明細胞がん：10症例（腫瘍組織10検体、非腫瘍組織10検体）
転移性卵巣悪性腫瘍：4症例（腫瘍組織4検体、非腫瘍組織4検体）
卵巣境界悪性腫瘍：2症例（腫瘍組織2検体、非腫瘍組織2検体）
卵巣粘液性がん/境界悪性腫瘍：3症例（腫瘍組織3検体、非腫瘍組織3検体）
卵巣低異型度漿液性がん：1症例（腫瘍組織1検体、非腫瘍組織1検体） - 健康状態罹患
- 対象者数189 (人数)
- 疾患
- 卵巣がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織（末梢血）から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- BWA、Novoalign
- マッピング品質
- MAPQ>20
- カバレッジ (深度)
- 腫瘍組織: 152x
非腫瘍組織: 81.5x