2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2025-07-09
- 更新日
- 2025-07-09
- 研究
- hum0030
- データの種類
- NGS(Exome)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000789
解析手法
WES
- 材料と対象者
卵巣がん(ICD10: C56, D391): 189症例(腫瘍組織190検体、非腫瘍組織189検体) 卵巣がんの内訳は以下の通りです。 卵巣高異型度漿液性がん: 161症例(腫瘍組織162検体、非腫瘍組織161検体) 卵巣類内膜がん: 5症例(腫瘍組織5検体、非腫瘍組織5検体) 卵巣がん肉腫: 2症例(腫瘍組織2検体、非腫瘍組織2検体) 卵巣脱分化がん: 2症例(腫瘍組織2検体、非腫瘍組織2検体) 卵巣明細胞がん: 10症例(腫瘍組織10検体、非腫瘍組織10検体) 転移性卵巣悪性腫瘍: 4症例(腫瘍組織4検体、非腫瘍組織4検体) 卵巣境界悪性腫瘍: 2症例(腫瘍組織2検体、非腫瘍組織2検体) 卵巣粘液性がん/境界悪性腫瘍: 3症例(腫瘍組織3検体、非腫瘍組織3検体) 卵巣低異型度漿液性がん: 1症例(腫瘍組織1検体、非腫瘍組織1検体)
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [NextSeq 500]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織(末梢血)から抽出したDNA
- ライブラリ構築
対象遺伝子領域内の4327箇所の一塩基多型をキャプチャ可能なカスタムプローブを設計
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp x 2
- マッピング
BWA、Novoalign
- マッピング品質
MAPQ>20
- リファレンス配列
hg38
- カバレッジ
腫瘍組織 152.0、非腫瘍組織 81.5
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
6.4 TB(fastq、bam)
- 利用ポリシー