データセット ID
JGAD000923
- データの種類
- NGS（WGS）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 311 GB
- ファイル形式
- VCF
- TBI
- 研究
- hum0501
- 公開日
- 2025-05-19
- 更新日
- 2025-05-19
- DDBJ Search
- JGAD000923 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000781 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 約100の民族集団に属する健常者：1,323名
ADRC（Asian DNA Repository Consortium）由来：313名
RIMG（Research Institute of Medical Genetics SB RAMS in Russia）由来：486名
GenomeAsia 100K Project（GenomeAsia 100K Consortium, 2019, Nature）：524名 - 健康状態健常
- 対象者数1323 (人数)
- 対象集団アジア人、北ユーラシア人
- 試料説明
- 唾液または末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血、唾液
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Nano DNA Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- BWA-MEM v0.7.13
- リード重複除去
- SAMBLASTER
- 再アライメント・塩基品質補正
- N/A
- マッピング品質
- MAPQ = ~60
- QC・フィルタリング
- VQSLOD<0の変異を除外
removed multi-allelic SNPs and indels, remaining only biallelic SNPs. - 解析方法
- GATK v3.5
- カバレッジ (深度)
- 20x (超)
- バリアント数
- 52,589,813
- 表現型データの有無
- なし