2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2025-08-08
- 更新日
- 2025-08-08
- 研究
- hum0497
- データの種類
- NGS(RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000777
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
ヒト妊娠後期胎盤(ICD10: O82.0、O80.0): 3名 絨毛膜から樹立した栄養膜幹細胞(Ch-TS): 3検体 栄養膜幹細胞を分化誘導した絨毛外栄養膜細胞(Ch-EVT): 3検体 栄養膜幹細胞を分化誘導した合胞体栄養膜細胞(Ch-ST): 3検体 RIKEN BRCより入手した栄養膜幹細胞(CT27、CT29、bTS5) 栄養膜幹細胞: 3検体 栄養膜幹細胞(CT27、CT29)を分化誘導した絨毛外栄養膜細胞: 2検体 栄養膜幹細胞(CT27、CT29)を分化誘導した合胞体栄養膜細胞: 2検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
栄養膜幹細胞、絨毛外栄養膜細胞、合胞体栄養膜細胞から抽出したtotal RNA
- 細胞株
RIKEN BRC(CT27 0RCB49361、CT29 2RCB49373、bTS5 4RCB49405)
- ライブラリ構築
NEBNext Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module、NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit、NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs)
- 断片化
94℃で化学的断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp
- 解析方法
featureCounts(GRCh38.106)
- マッピング
HISAT2
- マッピング品質
マッピング率>98%
- リファレンス配列
GRCh38/hg38
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
68.3 GB(fastq、csv)
- 利用ポリシー