データセット ID
JGAD000919
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 47.3 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- CSV
- 研究
- hum0497
- 公開日
- 2025-08-08
- 更新日
- 2025-08-08
- DDBJ Search
- JGAD000919 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000777 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- ヒト妊娠後期胎盤（ICD10：O82.0、O80.0）：3名
絨毛膜から樹立した栄養膜幹細胞（Ch-TS）：3検体
栄養膜幹細胞を分化誘導した絨毛外栄養膜細胞（Ch-EVT）：3検体
栄養膜幹細胞を分化誘導した合胞体栄養膜細胞（Ch-ST）：3検体
RIKEN BRCより入手した栄養膜幹細胞（CT27、CT29、bTS5）
栄養膜幹細胞：3検体
栄養膜幹細胞（CT27、CT29）を分化誘導した絨毛外栄養膜細胞：2検体
栄養膜幹細胞（CT27、CT29）を分化誘導した合胞体栄養膜細胞：2検体 - 健康状態健常
- 対象者数3 (人数)
- 疾患
- ヒト妊娠後期胎盤
- 試料説明
- 栄養膜幹細胞、絨毛外栄養膜細胞、合胞体栄養膜細胞から抽出したtotal RNA
- 組織Chorion、胎盤
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- bTS5
CT27
CT29 - 試料の入手元
- RIKEN BRC(CT27 0RCB49361、CT29 2RCB49373、bTS5 4RCB49405)
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Multiplex Oligos for Illumina
NEBNext Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module
NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina - 断片化
- 94℃で化学的断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- HISAT2
- マッピング品質
- マッピング率>98%
- 解析方法
- featureCounts（GRCh38.106）