データセット ID

JGAD000916

Name: JGAD000916: NGS（scRNA-seq、bulk RNA-seq、scASAP-seq、CITE-seq、VDJ-seq）、Xenium
Published: 2025-08-05

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hum0468_target_gene.xlsx	577遺伝子	10.6 KB

材料と対象者: 関節リウマチ(ICD10: M06.9): 10症例
血液検体: 9検体
関節液検体: 4検体
滑膜検体: 10検体; 健康状態
罹患
対象者数
10 (人数)
疾患: 関節リウマチ (M069)
試料説明: 検体から分離したCD4陽性T細胞、もしくは滑膜検体の全細胞を網羅するようにソートした検体より抽出したRNA; 組織
末梢血、Synovial fluid、Synovium
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: scRNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Single Cell 5'
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 500 bp
参照ゲノム: GRCh38
マッピング: cellranger 7.0.1
QC・フィルタリング: cellranger 7.0.1
解析方法: cellranger 7.0.1
遺伝子数: N/A
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 関節リウマチ(ICD10: M06.9): 1症例
関節液検体: 1検体; 健康状態
罹患
対象者数
1 (人数)
疾患: 関節リウマチ (M069)
試料説明: 血液検体から抽出したRNAもしくは、関節液検体から単離したTph細胞を刺激した後のCCR7発現細胞ならびにCXCR6発現細胞から抽出したRNA; 組織
Synovial fluid
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: RNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: SMART-Seq mRNA LP
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina NextSeq 500
Illumina NextSeq 550
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 500 bp
参照ゲノム: GRCh38
マッピング: STAR
QC・フィルタリング: DESeq2
解析方法: featureCounts
遺伝子数: N/A
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 関節リウマチ(ICD10: M06.9): 10症例
血液検体: 9検体
関節液検体: 4検体
滑膜検体: 10検体; 健康状態
罹患
対象者数
10 (人数)
疾患: 関節リウマチ (M069)
試料説明: 検体から分離したCD4陽性T細胞より抽出したRNA; 組織
末梢血、Synovial fluid、Synovium
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: CITE-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Single Cell 5'
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 73 bp
参照ゲノム: GRCh38
マッピング: cellranger 7.0.1
QC・フィルタリング: cellranger 7.0.1
解析方法: cellranger 7.0.1
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 関節リウマチ（ICD10：M06.9）：10症例
血液検体：9症例9検体
関節液検体：4症例4検体
滑膜検体：8症例10検体; 健康状態
罹患
対象者数
10 (人数)
疾患: 関節リウマチ (M069)
試料説明: 検体から分離したCD4陽性T細胞より抽出したRNA; 組織
末梢血、Synovial fluid、Synovium
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: VDJ-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Single Cell 5'
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 500 bp
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)