2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2025-08-13
- 更新日
- 2025-08-13
- 研究
- hum0492
- データの種類
- NGS(scRNA-seq/TCR/BCRレパトア解析) NGS(Visium Spatial Gene Expression)、病理画像
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000773
解析手法
scRNA-seq + scTCR-seq + scBCR-seq
- 材料と対象者
シェーグレン症候群(ICD10: M350): 19症例 Sicca: 8症例 唾液腺組織: 合計 27検体 (シェーグレン症候群6症例、Sicca3症例はVisium解析も実施)
- 実験方法
scRNA-seq/TCR/BCRレパトア解析
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq X]
- 試料説明
唾液腺組織より取得したT細胞、B細胞より抽出したRNA
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell 5' Library & Gel Bead Kit v1.1
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- 解析方法
Cell Ranger(version 5.0.1)
- フィルタリング
Cell Ranger(version 5.0.1)
- マッピング
Cell Ranger(version 5.0.1)
- リファレンス配列
GRCh38(reference_accession: GCA_000001405.15)
- 遺伝子数
平均1478
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1.24 TB(bam、csv)
- 利用ポリシー
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
シェーグレン症候群(ICD10: M350): 15症例 Sicca: 5症例 唾液腺組織: 合計 20検体 (シェーグレン症候群6症例、Sicca3症例はscRNA-seq/TCR/BCRレパトア解析も実施)
- 実験方法
Visium Spatial Gene Expression、病理画像
- プラットフォーム
MGI [DNBSEQ-G400]
- 試料説明
唾液腺組織
- ライブラリ構築
Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
read1: 28 bp、read2: 50 bp
- 解析方法
spaceranger-2.0.1
- リファレンス配列
GRCh38
- 組織染色
HE染色
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1.24 TB(fastq、jpg/tiff)
- 利用ポリシー