データセット ID
JGAD000915
- データの種類
- NGS（scRNA-seq/TCR/BCRレパトア解析）
NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像 - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.2 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- CSV
- JPEG
- TAR
- 研究
- hum0492
- 公開日
- 2025-08-13
- 更新日
- 2025-08-13
- DDBJ Search
- JGAD000915 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000773 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq + scTCR-seq + scBCR-seq
- 材料と対象者
- シェーグレン症候群（ICD10：M350）：19症例
Sicca： 8症例
唾液腺組織：合計 27検体
（シェーグレン症候群6症例、Sicca3症例はVisium解析も実施） - 健康状態罹患
- 対象者数27 (人数)
- 疾患
- シェーグレン症候群
- 試料説明
- 唾液腺組織より取得したT細胞、B細胞より抽出したRNA
- 組織唾液腺
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- BCR-seq
scRNA-seq
TCR-seq - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 5' v1.1
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger（version 5.0.1）
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger（version 5.0.1）
- 解析方法
- Cell Ranger（version 5.0.1）
- 遺伝子数
- 1478 (平均)
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
- シェーグレン症候群（ICD10：M350）：15症例
Sicca： 5症例
唾液腺組織：合計 20検体
（シェーグレン症候群6症例、Sicca3症例はscRNA-seq/TCR/BCRレパトア解析も実施） - 健康状態罹患
- 対象者数20 (人数)
- 疾患
- シェーグレン症候群
- 試料説明
- 唾液腺組織
- 組織唾液腺
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Histological image
Spatial transcriptomics - 測定対象
- N/A
- 試料の処理
- 組織染色: HE染色
- 試薬キット
- Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE
- 断片化
- 上記のライブラリ作製キットに含まれる
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-G400
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- read1: 28 bp
read2: 50 bp - 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- spaceranger-2.0.1
- 表現型データの有無
- あり