2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2025-12-03
- 更新日
- 2025-12-03
- 研究
- hum0405
- データの種類
- NGS(RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000760
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
小児B前駆細胞性急性リンパ性白血病 (ICD10: C910): 69症例 末梢血もしくは骨髄液由来の腫瘍細胞: 69検体 小児急性骨髄性白血病 (ICD10: C920): 9症例 (5症例は初発時は小児B前駆細胞性急性リンパ性白血病、再発時に急性骨髄性白血病を呈した症例) 初発時、再発時の末梢血もしくは骨髄液由来の腫瘍細胞: 15検体 B細胞性前リンパ球性白血病(ICD10: C91.3): 16症例 (寛解9症例、再発7症例) CAR-T製剤中のT細胞をソートしたCD38-CD73-Tim-3-HLA-DR+(4 marker-defined; 4MD)分画: 13検体(寛解7症例、再発6症例) 4MD以外の分画: 16検体(寛解9症例、再発7症例)
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq X] MGI [DNBSEQ-G400RS]
- 試料説明
腫瘍細胞もしくはT細胞から抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- マッピング
Genomon v2.6.2/v2.6.3
- マッピング品質
unmapped reads < 5%
- リファレンス配列
GRCh37
- カバレッジ
Uniquely mapped reads >90%
- JGAデータセットAccession
JGAD000901: B細胞性前リンパ球性白血病
- 総データ量
JGAD000752: 935.2 GB(fastq) JGAD000761: 180.6 GB(bam、bai) JGAD000901: 271.6 GB(bam、bai)
- 利用ポリシー