データセット ID
JGAD000898
- データの種類
- NGS（WGS、t-nanoEM）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.3 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0394
- 公開日
- 2024-11-22
- 更新日
- 2025-06-24
- DDBJ Search
- JGAD000898 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000757 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 非小細胞肺がん（ICD10：C349）：1＋1症例
腫瘍組織：1＋1検体（Illumina、Nanopore）
非腫瘍組織：1＋1検体（Illumina） - 健康状態混在
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 非小細胞肺がん (C349)
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK114)
NEBNext Multiplex Oligos for Illumina
NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina
TruSeq Nano DNA Library Prep Kit - 断片化
- Illumina：超音波断片化（Covaris）
Nanopore：- - プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
Oxford Nanopore Technologies PromethION - リードタイプ
- 混在
- リード長
- Illumina: 300 bp
Nanopore: 7500 bp (平均) - 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Illumina：BWA-MEM
Nanopore：Guppy - マッピング品質
- N/A
- カバレッジ (深度)
- 腫瘍組織: 82x (Illumina)
非腫瘍組織: 44x (Illumina)
t-nanoEM (Nanopore methylation)
- 材料と対象者
- 非小細胞肺がん（ICD10：C349）：1＋1症例
マイクロダイセクションした複数領域の腫瘍組織：1＋1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 非小細胞肺がん (C349)
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- t-nanoEM
- 試薬キット
- NEBNext Enzymatic Methyl-seq Kit
Twist Standard Hyb and Wash Kit v2 - 断片化
- g-TUBE（Covaris）
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies PromethION
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 4800 bp (平均)