2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2025-05-21
- 更新日
- 2025-11-17
- 研究
- hum0445
- データの種類
- NGS(RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000756
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
肺腺がん(ICD10: C34.1、C34.2、C34.3): 362症例 腫瘍組織: 362検体 非腫瘍組織: 8検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500、Genome Analyzer IIx]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit mRNA-Seq Sample Prep Kit TruSeq RNA Sample Prep Kit
- 断片化
超音波断片化(Covaris)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
75bp、100bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
2.0 TB(fastq)
- 利用ポリシー
WES
- 材料と対象者
非小細胞肺がん(ICD10: C34.9): 8症例 腫瘍組織と非腫瘍組織(血液または正常肺組織)のペア: 15検体 合計30検体
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500、NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
SureSelect Human All Exon kit
- 断片化
超音波断片化(Covaris)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
HiSeq2500: 2 x 75 bp/2 x 100 bp NovaSeq 6000: 2 x 150 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1 TB(fastq)
- 利用ポリシー