データセット ID
JGAD000894
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.2 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0422
- 公開日
- 2026-03-31
- 更新日
- 2026-03-31
- DDBJ Search
- JGAD000894 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000753 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 子宮体がん（ICD10：C54）：88症例
腫瘍組織と非腫瘍組織のペア：合計 176検体 - 健康状態罹患
- 対象者数88 (人数)
- 疾患
- 子宮体がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織子宮内膜
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Twist Comprehensive Exome Panel
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- BWA、bowtie2
- マッピング品質
- 中央値 59.57（59.44-59.73）
- カバレッジ (割合)
- 20x: 94.5%
RNA-seq
- 材料と対象者
- 子宮体がん（ICD10：C54）：86症例
腫瘍組織：86検体（うち9検体は非腫瘍組織とのペア）
非腫瘍組織：9検体 - 健康状態罹患
- 対象者数86 (人数)
- 疾患
- 子宮体がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 組織子宮内膜
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 上記キットに準拠（アルカリ条件下での熱処理）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp