2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
JGAD000894
- 公開日
- 2026-03-31
- 更新日
- 2026-03-31
- 研究
- hum0422
- データの種類
- NGS(Exome, RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000753
解析手法
WES
- 材料と対象者
子宮体がん(ICD10: C54): 88症例 腫瘍組織と非腫瘍組織のペア: 合計 176検体
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Twist Comprehensive Exome Panel Kit
- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- マッピング
BWA、bowtie2
- マッピング品質
中央値 59.57(59.44-59.73)
- リファレンス配列
GRCh38
- カバレッジ
94.5%(20x)
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1.2 TB(bam)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
子宮体がん(ICD10: C54): 86症例 腫瘍組織: 86検体(うち9検体は非腫瘍組織とのペア) 非腫瘍組織: 9検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEBNext® Ultra™ II RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
上記キットに準拠(アルカリ条件下での熱処理)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1.2 TB(fastq)
- 利用ポリシー