データセット ID
JGAD000890
- データの種類
- NGS（WGS、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.5 TB
- ファイル形式
- GENOZIP
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2024-11-12
- 更新日
- 2024-11-12
- DDBJ Search
- JGAD000890 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000751 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- HPV関連中咽頭がん（ICD10：C10）：14症例
腫瘍組織：14検体
非腫瘍組織（血液）：14検体 - 健康状態罹患
- 対象者数14 (人数)
- 疾患
- HPV関連中咽頭がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および血液から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-T7
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- HPV関連中咽頭がん（ICD10：C10）：19症例
腫瘍組織：19検体
HPV非関連中咽頭がん（ICD10：C10）：17症例
腫瘍組織：17検体
健常対照者：2名
正常扁桃：2検体 - 健康状態混在
- 対象者数38 (人数)
- 疾患
- HPV関連中咽頭がん
- HPV非関連中咽頭がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および正常扁桃から抽出したRNA
- 組織扁桃
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 化学的断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp