2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
JGAD000874
- 公開日
- 2024-10-04
- 更新日
- 2026-08-13
- 研究
- hum0343
- データの種類
- COVID19感染者末梢血のNGS (WGS) より算出した内在性ヘルペスウイルス6 (eHHV-6) の有無およびアネロウイルス量
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000739
解析手法
WGS
- 材料と対象者
COVID-19感染者 (ICD-10: U071) : 1,164症例 (重症者 1,068名)
- 実験方法
WGS
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
末梢血から抽出したDNA
- ライブラリ構築
TruSeq DNA PCR-free Library Prep Kit
- 断片化
超音波断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp x 2
- 解析方法
- フィルタリング
HapMap3データと共に主成分分析を行い、東アジア集団と同じクラスタに分類されることを確認した
- リファレンス配列
上記GitHubリポジトリを参照(配列リスト)
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
38.5 KB (tsv)
- 利用ポリシー