データセット ID
JGAD000874
- データの種類
- COVID19感染者末梢血のNGS（WGS）より算出した内在性ヘルペスウイルス6（eHHV-6）の有無およびアネロウイルス量
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 38.5 KB
- ファイル形式
- TSV
- 研究
- hum0343
- 公開日
- 2024-10-04
- 更新日
- 2024-10-04
- DDBJ Search
- JGAD000874 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000739 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0343_ | 配列リスト | 232 KB |
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- COVID-19感染者（ICD-10：U071）：1,164症例 （重症者 1,068名）
- 健康状態罹患
- 対象者数1164 (人数)
- 対象集団東アジア人
- 疾患
- COVID-19感染者
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- QC・フィルタリング
- HapMap3データと共に主成分分析を行い、東アジア集団と同じクラスタに分類されることを確認した
- 加工データの種類
- アネロウイルス量
eHHV-6 presence/absence