データセット ID
JGAD000871
- データの種類
- NGS（scRNA-seq）
NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像 - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 806 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- TSV
- CSV
- JSON
- MTX
- HDF5
- PNG
- GZIP
- 研究
- hum0476
- 公開日
- 2025-01-08
- 更新日
- 2025-06-11
- DDBJ Search
- JGAD000871 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000736 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 腎臓がん（ICD10：C64, N028, N088, N26, E142, N12）：14症例
摘出腎組織の非腫瘍部：14検体
正常腎組織検体：3検体
IgA腎症の所見を呈する検体：3検体
早期の糖尿病にみられる変化を呈する検体：2検体
IgA沈着症の所見を呈する検体：2検体
糸球体肥大症の所見を呈する検体：1検体
腎硬化症と糖尿病性腎症の所見を呈する検体：1検体
腎硬化症とIgA沈着症の所見を呈する検体：1検体
糖尿病性腎症の所見を呈する検体：1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数14 (人数)
- 疾患
- 腎臓がん (C64, N028, N088, N26, E142, N12)
- 試料説明
- 非腫瘍部の腎組織（腫瘍以外の所見を含む）より抽出したRNA
- 組織腎臓
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
- 断片化
- 10x genomics社のプロトコルに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- Read 1: 28 bp
Read2: 90 bp - 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR
- QC・フィルタリング
- N/A
- 解析方法
- Cell Ranger 4.0.0
- 遺伝子数
- 53 (SC)
28,183 (Total genes detected)
2046 (Median genes per cell)
68 (SC)
28,837 (Total genes detected)
2665 (Median genes per cell)
136 (SC)
28,357 (Total genes detected)
2263 (Median genes per cell)
176 (SC)
29,154 (Total genes detected)
2588 (Median genes per cell)
204 (SC)
29,034 (Total genes detected)
2848 (Median genes per cell)
286 (SC)
28,351 (Total genes detected)
2680 (Median genes per cell) - 加工データの種類
- 遺伝子発現行列
- 表現型データの有無
- あり
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
- 腎臓がん（ICD10：C64, N028, N088, N26, E142, N12）：32症例
摘出腎組織の非腫瘍部：32検体
正常腎組織検体：9検体
IgA腎症の所見を呈する検体：6検体
早期の糖尿病にみられる変化を呈する検体：2検体
IgA沈着症の所見を呈する検体：2検体
糸球体肥大症の所見を呈する検体：1検体
腎硬化症の所見を呈する検体：7検体
腎硬化症と糖尿病性腎症の所見を呈する検体：1検体
腎硬化症とIgA沈着症の所見を呈する検体：2検体
糖尿病性腎症の所見を呈する検体：1検体
尿細管間質性腎炎の所見を呈する検体：1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数32 (人数)
- 疾患
- 腎臓がん (C64, N028, N088, N26, E142, N12)
- 試料説明
- 摘出腎の非腫瘍組織
- 組織腎臓
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Histological image
Spatial transcriptomics - 測定対象
- N/A
- 試料の処理
- 組織染色: HE染色
- 試薬キット
- Visium Human Transcriptome Probe Kit
Visium Spatial Gene Expression for FFPE - 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- Read 1: 28 bp
Read2: 50 bp - 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- Space ranger、Seurat、Loupe
- 加工データの種類
- Histological image
Spatial gene expression data