データセット ID

JGAD000870

Name: JGAD000870: NGS（WGS、Exome、Amplicon-seq、RNA-seq、scRNA-seq/ADT-seq/TCR-seq、CUT&RUN-seq）、メチル化アレイ
Published: 2026-08-07

データの種類: NGS（WGS、Exome、Amplicon-seq、RNA-seq、scRNA-seq/ADT-seq/TCR-seq、CUT&RUN-seq）
メチル化アレイ
アクセス制限: 制限公開（Type I）
総データ量: 7.6 TB
ファイル形式: FASTQ
BAM
BAI
IDAT
研究: hum0405
公開日: 2026-08-07
更新日: 2026-08-07
DDBJ Search: JGAD000870 (新しいタブで開きます)
JGA Study: JGAS000735 (新しいタブで開きます)

このデータセットに紐づく非制限公開ファイル

ファイル名	ラベル	サイズ	URL のコピー
hum0405_TGS-probe-panel.xlsx	399 遺伝子	20.5 KB
xgen-human-cnv-backbone-hyb-panel-probes.bed	xGen CNV Backbone Panel-Tech Access（IDT）	454 KB

材料と対象者: CAEBV（ICD10：C84.5）：64症例
EBV感染細胞、非感染細胞、末梢血：185検体; 健康状態
罹患
対象者数
64 (人数)
疾患: CAEBV
試料説明: EBV感染細胞、非感染細胞および末梢血から抽出したDNA; 組織
EBV-infected cell、末梢血
試料の入手元: N/A
実験方法: Amplicon-seq
測定対象: 1：399 遺伝子
2：xGen CNV Backbone Panel-Tech Access（IDT）
3：EBV type 1（RefSeq accession number; NC_007605）、type 2 （RefSeq accession number; NC_009334）
試薬キット: Lotus DNA Library Prep Kit
断片化: 酵素反応
プラットフォーム: MGI DNBSEQ-G400
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 150 bp
参照ゲノム: EBV type 1
GRCh37
マッピング: Genomon v2.6.2
マッピング品質: N/A
カバレッジ (深度): 399遺伝子: 1000x
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: CAEBV（ICD10：C84.5）：28症例
EBV感染細胞、細胞株
IM（ICD10：B27.0、B27.9）：6症例
NK細胞
健常人：4名
NK細胞
合計：52検体; 健康状態
混在
対象者数
38 (人数)
疾患: CAEBV
IM
試料説明: EBV感染細胞、細胞株およびNK細胞から抽出したRNA; 組織
細胞株、EBV-infected cell、NK 細胞
試料の入手元: N/A
実験方法: RNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: NEBNext rRNA Depletion Kit
NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
断片化: 熱処理
プラットフォーム: MGI DNBSEQ-G400
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 150 bp
参照ゲノム: EBV type 1
GRCh37
マッピング: Genomon v2.6.2
マッピング品質: N/A
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: CAEBV（ICD10：C84.5）：32症例
EBV感染細胞、細胞株
IM（ICD10：B27.0、B27.9）：6症例
NK細胞
健常人：4名
NK細胞
合計：54検体; 健康状態
混在
対象者数
42 (人数)
疾患: CAEBV
IM
試料説明: EBV感染細胞、細胞株およびNK細胞から抽出したDNA; 組織
細胞株、EBV-infected cell、NK 細胞
試料の入手元: N/A
実験方法: Methylation array
測定対象: N/A
試薬キット: Infinium MethylationEPIC BeadChip Kit
プラットフォーム: Illumina Infinium MethylationEPIC
プローブ数: N/A
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: CAEBV（ICD10：C84.5）：6症例
IM（ICD10：B27.0、B27.9）：2症例
健常人：2名
末梢血単核球（PBMC）：合計10検体; 健康状態
混在
対象者数
10 (人数)
疾患: CAEBV
IM
試料説明: PBMCより抽出したRNA; 組織
末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
試料の入手元: N/A
実験方法: scRNA-seq
TCR-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
Chromium Single Cell V(D)J
断片化: 酵素反応
プラットフォーム: MGI DNBSEQ-G400
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 100 bp
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: CAEBV（ICD10：C84.5）：2症例
細胞株
健常人：1名
NK細胞
合計： 24検体; 健康状態
混在
対象者数
3 (人数)
疾患: CAEBV
試料説明: 細胞株およびNK細胞から抽出したDNA; 組織
細胞株、NK 細胞
試料の入手元: N/A
実験方法: CUT&RUN-seq
測定対象: N/A
試薬キット: CUTANA ChIC/CUT&RUN Kit Version 3
NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina
断片化: 酵素反応
プラットフォーム: MGI DNBSEQ-G400
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 150 bp
参照ゲノム: GRCh37
マッピング: CUT&RUNTools 2.0 package
マッピング品質: N/A
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)