2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2026-08-05
- 更新日
- 2026-08-05
- 研究
- hum0405
- データの種類
- NGS (WGS、Exome、Amplicon-seq、RNA-seq、scRNA-seq/ADT-seq/TCR-seq、CUT&RUN-seq) メチル化アレイ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000735
解析手法
WGS
- 材料と対象者
CAEBV (ICD10: C84.5) : 18症例
EBV感染細胞、非感染細胞: 36検体- 実験方法
WGS
- プラットフォーム
MGI [DNBSEQ-G400RS]
Illumina [NovaSeq 6000]- 試料説明
EBV感染細胞および非感染細胞から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Lotus DNA Library Prep Kit
Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation- 断片化
酵素反応
オンビーズタグメンテーション- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- マッピング
Genomon v2.6.2
- リファレンス配列
GRCh37 (reference_accession: GCF_000001405.13)
- カバレッジ
14症例 (腫瘍>45×, 正常>30×) 、4症例 (腫瘍>100×, 正常>30×) をターゲットにシークエンス
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.63 TB (bam、bai)
- 利用ポリシー
Exome
- 材料と対象者
CAEBV (ICD10: C84.5) : 23症例
EBV感染細胞、非感染細胞: 46検体- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
MGI [DNBSEQ-G400RS]
- 試料説明
EBV感染細胞および非感染細胞から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Lotus DNA Library Prep Kit
xGen Exome Research Panel v2- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- マッピング
Genomon v2.6.2
- リファレンス配列
GRCh37 (reference_accession: GCF_000001405.13)
- カバレッジ
23症例 (腫瘍>100×, 正常>100×) をターゲットにシークエンス
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.63 TB (bam、bai)
- 利用ポリシー
Amplicon-seq
- 材料と対象者
CAEBV (ICD10: C84.5) : 64症例
EBV感染細胞、非感染細胞、末梢血: 185検体- 実験方法
Amplicon-seq
- ターゲット
1: 399 遺伝子
2: xGen CNV Backbone Panel-Tech Access (IDT)
3: EBV type 1 (RefSeq accession number; NC_007605) 、type 2 (RefSeq accession number; NC_009334)- プラットフォーム
MGI [DNBSEQ-G400RS]
- 試料説明
EBV感染細胞、非感染細胞および末梢血から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Lotus DNA Library Prep Kit
- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- マッピング
Genomon v2.6.2
- リファレンス配列
1&2: GRCh37 (reference_accession: GCF_000001405.13)
3: EBV type1 (RefSeq accession number; NC_007605)- カバレッジ
399遺伝子に関して1000×をターゲットにシークエンス
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.63 TB (bam、bai)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
CAEBV (ICD10: C84.5) : 28症例
EBV感染細胞、細胞株
IM (ICD10: B27.0、B27.9) : 6症例
NK細胞
健常人: 4名
NK細胞
合計: 52検体- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
MGI [DNBSEQ-G400RS]
- 試料説明
EBV感染細胞、細胞株およびNK細胞から抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEBNext rRNA Depletion Kit
NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- マッピング
Genomon v2.6.2
- リファレンス配列
GRCh37 (reference_accession: GCF_000001405.13)
EBV type1 (RefSeq accession number; NC_007605)- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.63 TB (bam、bai)
- 利用ポリシー
Methylation Array
- 材料と対象者
CAEBV (ICD10: C84.5) : 32症例
EBV感染細胞、細胞株
IM (ICD10: B27.0、B27.9) : 6症例
NK細胞
健常人: 4名
NK細胞
合計: 54検体- 実験方法
メチル化アレイ
- プラットフォーム
Illumina [Infinium MethylationEPIC v1.0 BeadChip]
- 試料説明
EBV感染細胞、細胞株およびNK細胞から抽出したDNA
- 試薬
Infinium MethylationEPIC v1.0 BeadChip
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.63 TB (IDAT)
- 利用ポリシー
scRNA-seq/ADT-seq/TCR-seq
- 材料と対象者
CAEBV (ICD10: C84.5) : 6症例
IM (ICD10: B27.0、B27.9) : 2症例
健常人: 2名
末梢血単核球 (PBMC) : 合計10検体- 実験方法
scRNA-seq/ADT-seq/TCR-seq
- プラットフォーム
MGI [DNBSEQ-G400RS]
- 試料説明
PBMCより抽出したRNA
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell 5′Reagent Kits v2 (Dual Index)
Chromium Single Cell V (D) J Amplification Kits, Human- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.63 TB (fastq)
- 利用ポリシー
CUT＆RUN-seq
- 材料と対象者
CAEBV (ICD10: C84.5) : 2症例
細胞株
健常人: 1名
NK細胞
合計: 24検体- 実験方法
CUT＆RUN-seq
- プラットフォーム
MGI [DNBSEQ-G400RS]
- 試料説明
細胞株およびNK細胞から抽出したDNA
- ライブラリ構築
CUTANATM ChIC/CUT&RUN Kit Version 3
NEBNext Ultra Ⅱ DNA Library Prep Kit for Illumina- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- マッピング
CUT&RUNTools 2.0 package
- リファレンス配列
GRCh37 (reference_accession: GCF_000001405.13)
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.63 TB (bam、bai)
- 利用ポリシー