データセット ID
JGAD000860
- データの種類
- NGS（scRNA-seq、bulk RNA-seq、CITE-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 2.5 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- HDF5
- 研究
- hum0468
- 公開日
- 2025-08-05
- 更新日
- 2025-08-05
- DDBJ Search
- JGAD000860 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000727 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 関節リウマチ(ICD10: M06.9): 11症例
血液検体: 10検体
関節液検体: 4検体
滑膜検体: 11検体(うち3症例は全細胞)
対照健常者: 3名
血液検体: 3検体
関節リウマチ1症例の関節液T細胞と上記対照健常者1名の血液単球を共培養した検体: 1検体 - 健康状態混在
- 対象者数14 (人数)
- 疾患
- 関節リウマチ (M069)
- 試料説明
- 検体から分離したCD4陽性T細胞、もしくは滑膜検体の全細胞を網羅するようにソートした検体より抽出したRNA
- 組織末梢血、Synovial fluid、Synovium
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 5'
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 500 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- cellranger 7.0.1
- QC・フィルタリング
- cellranger 7.0.1
- 解析方法
- cellranger 7.0.1
- 遺伝子数
- N/A
RNA-seq
- 材料と対象者
- 対照健常者: 1名
血液検体: 1検体 - 健康状態混在
- 対象者数2 (人数)
- 試料説明
- 血液検体から抽出したRNAもしくは、関節液検体から単離したTph細胞を刺激した後のCCR7発現細胞ならびにCXCR6発現細胞から抽出したRNA
- 組織末梢血、Synovial fluid
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Illumina Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
Illumina NextSeq 550 - リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 76 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR
- QC・フィルタリング
- DESeq2
- 解析方法
- featureCounts
- 遺伝子数
- N/A
CITE-seq
- 材料と対象者
- 関節リウマチ（ICD10：M06.9）1症例の関節液T細胞と上記対照健常者1名の血液単球を共培養した検体：1検体
- 健康状態混在
- 対象者数1 (検体数)
- 疾患
- 関節リウマチ (M069)
- 試料説明
- 検体から分離したCD4陽性T細胞より抽出したRNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞、Cultured cell
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CITE-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 5'
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 73 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- cellranger 7.0.1
- QC・フィルタリング
- cellranger 7.0.1
- 解析方法
- cellranger 7.0.1