データセット ID

JGAD000858

Name: JGAD000858: NGS（Exome）、NGS（RNA-seq）、NGS（WGS）、NGS（scRNA-seq）、NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
Published: 2025-07-09

データの種類: NGS（Exome）
NGS（RNA-seq）
NGS（WGS）
NGS（scRNA-seq）
NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
アクセス制限: 制限公開（Type I）
総データ量: 5.0 TB
ファイル形式: FASTQ
BAM
TSV
CSV
JSON
MTX
PNG
研究: hum0470
公開日: 2025-07-09
更新日: 2025-12-11
DDBJ Search: JGAD000858 (新しいタブで開きます)
JGA Study: JGAS000725 (新しいタブで開きます)

解析手法

材料と対象者: 尿路上皮がん（ICD10：C679）：1症例
5臓器由来の腫瘍組織：5検体; 健康状態
罹患
対象者数
5 (検体数)
疾患: 尿路上皮がん (C679)
試料説明: 腫瘍組織から解離した単一細胞より抽出したRNA; 腫瘍 / 非腫瘍
腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: scRNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Fixed RNA Profiling Kit
断片化: 上記プロトコルに準拠
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 118 bp
参照ゲノム: GRCh38
マッピング: Cell Ranger v9.0.0
マッピング品質: Reads mapped to probe set: 97.2%
Reads confidently mapped to probe set: 96.2%
Reads confidently mapped to filtered probe set: 93.8%
Reads half-mapped to probe set: 0.5%
Reads split-mapped to probe set: 0.5%
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 尿路上皮がん（ICD10：C679）：1症例
5臓器由来の腫瘍組織：7検体（進行病変（後腹膜3カ所、肺転移1カ所）および安定病変（原発腫瘍1カ所、リンパ節2カ所））; 健康状態
罹患
対象者数
7 (検体数)
疾患: 尿路上皮がん (C679)
試料説明: 腫瘍組織のFFPE切片; 腫瘍 / 非腫瘍
腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: Histological image
Spatial transcriptomics
測定対象: N/A
試料の処理: 組織染色: HE染色
試薬キット: Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE
Visium Human Transcriptome Probe Kit
Visium Spatial Gene Expression for FFPE
断片化: N/A
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 78 bp
参照ゲノム: GRCh38
解析方法: Space Ranger v1.3.1、v3.1.2
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)