データセット ID
JGAD000848
- データの種類
- NGS（WGS；腫瘍組織由来の変異情報）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 129 MB
- ファイル形式
- VCF
- TSV
- 研究
- hum0127
- 公開日
- 2024-07-10
- 更新日
- 2024-07-10
- DDBJ Search
- JGAD000848 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000715 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 全エクソンシーケンシングおよび全遺伝子発現解析などでドライバー遺伝子に変化が認められなかったがん患者（ICD10：C169, C170, C18（180, 182, 184, 186, 187）, C20, C220, C349, C433, C437, C445, C541, C56, C787, C793, C795, C08.1）：177症例
腫瘍組織：177検体
非腫瘍組織：177検体 - 健康状態罹患
- 対象者数177 (人数)
- 疾患
- 全エクソンシーケンシングおよび全遺伝子発現解析などでドライバー遺伝子に変化が認められなかったがん患者
- 試料説明
- 手術摘出組織（腫瘍組織）および末梢血の白血球（非腫瘍組織）から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- DRAGEN DNA Pipeline
- マッピング品質
- DRAGEN DNA Pipeline
- 解析方法
- Illumina DRAGEN Secondary Analysis
- カバレッジ (深度)
- 腫瘍サンプル: 130.3x
腫瘍サンプル: 115.7–150.7x (範囲)
血液サンプル: 36.2x
血液サンプル: 28.8–45.9x (範囲) - 加工データの種類
- コピー数変化 (CNV)
変異コール