データセット ID
JGAD000845
- データの種類
- NGS（scRNA-seq）
NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像 - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 449 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- TXT
- TSV
- CSV
- JSON
- MTX
- PNG
- QPTIFF
- 研究
- hum0461
- 公開日
- 2024-05-30
- 更新日
- 2024-11-26
- DDBJ Search
- JGAD000845 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000712 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 食道扁平上皮がん（ICD10：C153、C154、C155）：5症例11検体
放射線治療前：4検体
放射線治療期間中：3検体
放射線治療直後：2検体
放射線治療後：2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数11 (検体数)
- 疾患
- 食道扁平上皮がん (C153, C154, C155)
- 試料説明
- 腫瘍組織より抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 3' v3
Chromium Single Cell 5' v1 - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 3000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 126 bp
116 bp
Multiplex Fluorescence Immunostaining
- 材料と対象者
- 食道扁平上皮がん（ICD10：C153、C154、C155）：2症例2検体
放射線治療を実施していない手術切除切片：1症例1検体
放射線治療後外科手術を実施した切除切片：1症例1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 食道扁平上皮がん (C153, C154, C155)
- 試料説明
- 腫瘍部位を含む組織切片
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Multiplex fluorescence immunostaining
- 測定対象
- N/A
- 試料の処理
- 細胞処理: CODEX Staining Kit
- プラットフォーム
- Akoya Biosciences PhenoCycler
- 表現型データの有無
- あり
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
- 食道扁平上皮がん（ICD10：C153、C154、C155）：2症例2検体
放射線治療を実施していない手術切除切片：1症例1検体
放射線治療後外科手術を実施した切除切片：1症例1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 食道扁平上皮がん (C153, C154, C155)
- 試料説明
- 腫瘍部位を含む組織切片
- 組織食道
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Histological image
Spatial transcriptomics - 測定対象
- N/A
- 試料の処理
- 組織染色: HE染色
- 試薬キット
- Visium Spatial Gene Expression
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 78 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- spaceranger-1.3.1
- 表現型データの有無
- あり