2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2024-06-11
- 更新日
- 2025-11-18
- 研究
- hum0317
- データの種類
- NGS(Exome、RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000707
解析手法
WES
- 材料と対象者
非小細胞肺がん(ICD10: C349) 患者生殖細胞系列細胞: 3症例 3検体 患者腫瘍組織: 4症例 4検体 PDX腫瘍組織: 4症例 12検体 がん(ICD10: C00-C97) 患者生殖細胞系列細胞: 44＋269症例 44＋269検体 患者腫瘍組織: 125症例 125検体 PDX腫瘍組織: 52＋269症例 52＋795検体
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
患者生殖細胞系列細胞、患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Twist Comprehensive Exome Kit
- 断片化
酵素反応、超音波断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
がん(52症例): JGAD000840
- 総データ量
JGAD000530: 228 GB(bam [ref: hg38/mm10]) JGAD000840: 927.4 GB(bam [ref: hg38/mm10]) JGAD000995: 9.7 TB(fastq)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
非小細胞肺がん(ICD10: C349) 患者腫瘍組織: 2症例2検体 PDX腫瘍組織: 4症例12検体 がん(ICD10: C00-C97) PDX腫瘍組織: 51症例51検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
がん: JGAD000840
- 総データ量
JGAD000530: 53 GB(fastq) JGAD000840: 927.4 GB(fastq)
- 利用ポリシー