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NBDC ヒトデータベース
JGAD000829
公開日
2026-06-10

更新日
2026-06-10

研究
hum0447

データの種類
NGS(WGS)

アクセス制限
制限公開(Type I)

JGA Study
JGAS000696

解析手法

WGS

材料と対象者

大腸がん(ICD10: C189): 138症例(内10症例は腫瘍組織のみ) 腫瘍組織: 138検体 非腫瘍組織(血液細胞): 128検体 合計: 266検体

実験方法

WGS

プラットフォーム

Illumina [NovaSeq 6000]

試料説明

腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA

ライブラリ構築

TruSeq DNA PCR-free kit

断片化

超音波断片化

リードタイプ

Paired-end

リード長

150 bp

マッピング

BWA-MEM(version 0.7.8)

マッピング品質

マッピング率 平均99.5%

リファレンス配列

GRCh37/hg19(reference_accession: GCF_000001405.13)

カバレッジ

腫瘍組織: 51.4x、非腫瘍組織: 38.1x

JGAデータセットAccession
総データ量

28.5 TB (bam)

利用ポリシー