データセット ID
JGAD000794
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 9.4 GB
- ファイル形式
- BAM
- BAI
- 研究
- hum0419
- 公開日
- 2024-06-18
- 更新日
- 2024-06-18
- DDBJ Search
- JGAD000794 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000664 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- EML4-ALK variant 3(v3)をドライバー遺伝子にもつ肺腺がん(ICD10: C34.1、C34.3): 1症例
腫瘍組織より樹立したオルガノイド: 1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- EML4-ALK variant 3（v3）をドライバー遺伝子にもつ肺腺がん (C341, C343)
- 試料説明
- 腫瘍組織より樹立したオルガノイドから抽出したDNA
- 組織肺、オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 151 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- DRAGEN Bio-IT Platform 3.9.5
- マッピング品質
- N/A
- カバレッジ (深度)
- 98.21x
RNA-seq
- 材料と対象者
- 粘液産生能を有する充実型肺腺がん（ICD10：C34.1、C34.3）：1症例
腫瘍組織より樹立したオルガノイド：1検体
EML4-ALK variant 3（v3）をドライバー遺伝子にもつ肺腺がん（ICD10：C34.1、C34.3）：1症例
腫瘍組織より樹立したオルガノイド：1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 粘液産生能を有する充実型肺腺がん (C341, C343)
EML4-ALK variant 3（v3）をドライバー遺伝子にもつ肺腺がん (C341, C343) - 試料説明
- 腫瘍組織より樹立したオルガノイドから抽出したRNA
- 組織肺、オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 高温条件下での2価陽イオンによる断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 101 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- STAR-Fusion v1.9.0
- マッピング品質
- N/A