データセット ID
JGAD000793
- データの種類
- NGS（scRNA-seq、CUT&RUN-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 474 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0249
- 公開日
- 2025-04-14
- 更新日
- 2025-04-14
- DDBJ Search
- JGAD000793 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000663 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 鎖骨頭蓋骨異形成症（ICD10：Q870）：2症例
頬粘膜線維芽細胞から樹立したiPS細胞に対して遺伝子編集により変異を正常化させたiPS細胞：1症例（1検体）
頬粘膜線維芽細胞から樹立したiPS細胞に対して遺伝子編集により変異を正常化させたiPS細胞から分化させた骨芽細胞：1症例（1検体）
頬粘膜線維芽細胞から樹立したiPS細胞に対して遺伝子編集によりRUNX2をKOしたiPS細胞：1症例（1検体）
頬粘膜線維芽細胞から樹立したiPS細胞に対して遺伝子編集によりRUNX2をKOしたiPS細胞から分化させた骨芽細胞：1症例（1検体）
頬粘膜線維芽細胞から樹立したiPS細胞に対して遺伝子編集によりRUNX2をKOし、SYNE1を発現させたiPS細胞から分化させた骨芽細胞：1症例（1検体） - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 鎖骨頭蓋骨異形成症 (Q870)
- 試料説明
- iPS細胞およびiPS細胞から分化させた骨芽細胞から抽出したRNA
- 組織頬粘膜
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- iPSC
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
CUT&RUN-seq
- 材料と対象者
- 鎖骨頭蓋骨異形成症（ICD10：Q870）：2症例
頬粘膜線維芽細胞から樹立したiPS細胞に対して遺伝子編集により変異を正常化させたiPS細胞から分化させた骨芽細胞：1症例（1検体）
頬粘膜線維芽細胞から樹立したiPS細胞に対して遺伝子編集によりRUNX2をKOしたiPS細胞から分化させた骨芽細胞：1症例（1検体）
頬粘膜線維芽細胞から樹立したiPS細胞に対して遺伝子編集によりRUNX2をKOし、SYNE1を発現させたiPS細胞から分化させた骨芽細胞：1症例（1検体） - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 鎖骨頭蓋骨異形成症 (Q870)
- 試料説明
- iPS細胞から分化させた骨芽細胞から抽出したDNA
- 組織頬粘膜
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CUT&RUN-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- CUT&RUN Library Prep Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp