データセット ID
JGAD000789
- データの種類
- NGS（RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 337 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0433
- 公開日
- 2023-12-26
- 更新日
- 2023-12-26
- DDBJ Search
- JGAD000789 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000659 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 人工妊娠中絶（ICD10：O049）術後の初期胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：1検体
受精卵から樹立したヒト胎盤幹細胞株：1検体 - 健康状態健常
- 対象者数2 (検体数)
- 性別女性
- 疾患
- 人工妊娠中絶 (O049)
- 試料説明
- ヒト胎盤幹細胞株より抽出したRNA
- 組織Blastocyst、脱落膜、胎盤、栄養膜幹細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- Trophoblast stem cell (TS)
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
ChIP-seq
- 材料と対象者
- 人工妊娠中絶（ICD10：O049）術後の初期胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：1検体
受精卵から樹立したヒト胎盤幹細胞株：1検体 - 健康状態健常
- 対象者数2 (検体数)
- 性別女性
- 疾患
- 人工妊娠中絶 (O049)
- 試料説明
- ヒト胎盤幹細胞株より抽出したDNA
- 組織Blastocyst、脱落膜、胎盤、栄養膜幹細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- Trophoblast stem cell (TS)
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- 混在
- リード長
- 150 bp
Hi-C
- 材料と対象者
- 人工妊娠中絶（ICD10：O049）術後の初期胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：1検体
- 対象者数1 (検体数)
- 性別女性
- 疾患
- 人工妊娠中絶 (O049)
- 試料説明
- ヒト胎盤幹細胞株より抽出したDNA
- 組織脱落膜、胎盤、栄養膜幹細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- Trophoblast stem cell (TS)
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Hi-C
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- KAPA Hyper Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp