データセット ID
JGAD000781
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 90.8 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0431
- 公開日
- 2024-01-25
- 更新日
- 2024-01-25
- DDBJ Search
- JGAD000781 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000651 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 非罹患者由来iPS細胞（HPS4290:201B7-Ff）に自閉スペクトラム症（ICD10：F840）患者で同定された変異をCRISPR/Cas9システムにより導入した遺伝子改変ヒトiPS細胞株（PAM配列上にも人為的変異を導入）
1）変異株：2検体（chr7:g.26200781C>T 変異とPAM配列上変異）
コントロール株：2検体（PAM配列上変異のみ導入）
2）変異株：3検体（chr22:g.19179942C>T変異とPAM配列上変異）
コントロール株：2検体（PAM配列上変異のみ導入） - 健康状態混在
- 対象者数9 (検体数)
- 疾患
- 自閉スペクトラム症 (F840)
- 試料説明
- 遺伝子改変ヒトiPS細胞株から抽出したmRNA
- 組織iPS 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- 201B7-Ff
iPSC - 試料の入手元
- RIKEN BRC
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp