データセット ID
JGAD000770
- データの種類
- NGS（RNA-seq、scRNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 19.8 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0358
- 公開日
- 2023-10-12
- 更新日
- 2023-10-12
- DDBJ Search
- JGAD000770 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000640 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 子宮頸がん（ICD10：C539）
3症例：正常子宮頸部由来オルガノイド（各1検体ずつ計3検体）
1症例：正常子宮頸部マイクロダイセクションで取得した非腫瘍組織（4検体）
NIKS18細胞株
siRNAで NPM3をノックダウン（siNPM3）：2検体
siRNAのnegative controlでノックダウン（siNC）：3検体 - 健康状態混在
- 対象者数23 (人数)
- 疾患
- 子宮頸がん
- 試料説明
- 腫瘍組織、非腫瘍組織、腫瘍組織および正常子宮頸部由来オルガノイド、ならびに細胞株由来検体から抽出したRNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 細胞株
- NIKS18
- 試料の入手元
- NIKS18:ヒトケラチノサイト細胞株NIKS（ATCC CRL-12191）にHPV18エピゾームを導入した細胞株
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
- 断片化
- Nextera XT transposome
- プラットフォーム
- Illumina MiSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 75 bp
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 子宮頸がん（ICD10：C539）：1症例
正常子宮頸部由来オルガノイド由来の細胞：50個 - 健康状態混在
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 子宮頸がん
- 試料説明
- 正常子宮頸部由来オルガノイド由来の細胞より抽出したRNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
- 断片化
- Nextera XT transposome
- プラットフォーム
- Illumina MiSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 75 bp