データセット ID
JGAD000752
- データの種類
- NGS（Exome）
NGS（RNA-seq）
NGS（small RNA-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 935 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0405
- 公開日
- 2023-12-26
- 更新日
- 2023-12-26
- DDBJ Search
- JGAD000752 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000623 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 小児B前駆細胞性急性リンパ性白血病 （ICD10：C910）：64症例
末梢血もしくは骨髄液由来の腫瘍細胞：64検体 - 健康状態罹患
- 対象者数64 (人数)
- 年齢層小児
- 疾患
- 小児B前駆細胞性急性リンパ性白血病
- 試料説明
- 腫瘍細胞から抽出したDNA
- 組織骨髄、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Lotus DNA Library Prep Kit
xGen Exome Research Panel - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-G400
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- Genomon v2.6.2
- マッピング品質
- Mapping qualityが20未満もしくはbase call qualityが15以下のリードや変異を除去
- カバレッジ (深度)
- 129x
RNA-seq
- 材料と対象者
- 小児B前駆細胞性急性リンパ性白血病 （ICD10：C910）：69症例
末梢血もしくは骨髄液由来の腫瘍細胞：69検体 - 健康状態罹患
- 対象者数69 (人数)
- 年齢層混在
- 疾患
- 小児B前駆細胞性急性リンパ性白血病
- 試料説明
- 腫瘍細胞もしくはT細胞から抽出したRNA
- 組織骨髄、末梢血、T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
MGI DNBSEQ-G400 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- Genomon v2.6.2/v2.6.3
- マッピング品質
- unmapped reads < 5%
- カバレッジ (割合)
- ユニークにマップされたリードの割合: 90% (超)
miRNA-seq
- 材料と対象者
- 小児B前駆細胞性急性リンパ性白血病 （ICD10：C910）：69症例
末梢血もしくは骨髄液由来の腫瘍細胞：69検体 - 健康状態罹患
- 対象者数69 (人数)
- 年齢層小児
- 疾患
- 小児B前駆細胞性急性リンパ性白血病
- 試料説明
- 腫瘍細胞から抽出したRNA
- 組織骨髄、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Small RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEXTflex Small RNA Sequencing Kit v3
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 550
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 75 bp