データセット ID
JGAD000746
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 27.7 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0406
- 公開日
- 2023-08-30
- 更新日
- 2023-08-30
- DDBJ Search
- JGAD000746 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000617 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- SFTPCバリアントにおける家族性間質性肺炎（ICD10：J84.9）：1症例
1: 患者血液から樹立したiPS細胞由来肺胞オルガノイドのEpCAM+CPM+細胞 ：3検体
2: 患者血液から樹立したiPS細胞由来肺胞オルガノイドのEpCAM-CPM-細胞 ：3検体
3: 患者血液から樹立した修復iPS細胞由来肺胞オルガノイドのEpCAM+CPM+細胞 ：3検体
4: 患者血液から樹立した修復iPS細胞由来肺胞オルガノイドのEpCAM-CPM-細胞 ：3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数12 (検体数)
- 疾患
- SFTPCバリアントにおける家族性間質性肺炎
- 試料説明
- フローサイトメトリーにより分離した誘導型2型肺胞上皮（iAT2）細胞（EpCAM+CPM+）および線維芽細胞（EpCAM-CPM-）より抽出したRNA
- 組織iPSC-derived alveolar organoid、末梢血
- 細胞株
- iPSC
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Illumina Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus
- 断片化
- 高温条件下での2価陽イオンによる断片化
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 59 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR 2.7.10b
- QC・フィルタリング
- RSeQC package
- 解析方法
- HTSeq package
- 遺伝子数
- 36,602 遺伝子
- 加工データの種類
- Gene expression count