データセット ID

JGAD000733

Name: JGAD000733: NGS（WGS；腫瘍組織由来の変異情報）、マイクロアレイ（全プローブのintensityデータ）、メチル化アレイ
Published: 2024-01-24

解析手法

材料と対象者: がん患者の腫瘍組織： 5063症例
がん患者の腫瘍組織近傍の非腫瘍組織： 5063症例
（ICD10：C00-D48）
消化管間質腫瘍（ICD10：C169）：30症例
腫瘍組織：30検体
非腫瘍組織：29検体（腫瘍組織とペア）
消化管間質腫瘍の腫瘍組織・非腫瘍組織; 健康状態
罹患
対象者数
5093 (人数)
対象集団
日本人
疾患: 消化管間質腫瘍
試料説明: 手術摘出組織（腫瘍組織および非腫瘍組織）から抽出したRNA; 腫瘍 / 非腫瘍
混在
試料の入手元: N/A
実験方法: Expression array
測定対象: 全遺伝子
試薬キット: Low Input Quick Amp Labeling Kit
プラットフォーム: Agilent DNA Microarray Scanner
Agilent SurePrint G3 Human GE v2 8x60K Microarray
QC・フィルタリング: The scanned images were analyzed with Feature Extraction Software 9.1 (Agilent) using default parameters (protocol GE1-v1_91 and Grid: 012391_D_20060331) to obtain background subtracted and spatially detrended Processed Signal intensities. Features flagged in Feature Extraction as Feature Non-uniform outliers were excluded.
正規化: 75パーセンタイル
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 消化管間質腫瘍（ICD10：C169）：30症例
腫瘍組織：30検体
非腫瘍組織：30検体; 健康状態
罹患
対象者数
30 (人数)
疾患: 消化管間質腫瘍
試料説明: 手術摘出組織（腫瘍組織）および末梢血の白血球（非腫瘍組織）から抽出したDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
混在
試料の入手元: N/A
実験方法: WGS
測定対象: N/A
試薬キット: TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
断片化: 超音波断片化（Covaris）
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 150 bp
参照ゲノム: GRCh37
マッピング: DRAGEN DNA Pipeline
マッピング品質: DRAGEN DNA Pipeline
解析方法: Illumina DRAGEN Secondary Analysis
カバレッジ (深度): 腫瘍サンプル: 130.3x
腫瘍サンプル: 115.7–150.7x (範囲)
血液サンプル: 36.2x
血液サンプル: 28.8–45.9x (範囲)
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)