データセット ID
JGAD000712
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 21.3 GB
- ファイル形式
- BAM
- 研究
- hum0376
- 公開日
- 2022-12-19
- 更新日
- 2023-03-20
- DDBJ Search
- JGAD000712 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000585 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 子宮内膜がん（ICD10：C54.1）：2＋4症例
腫瘍組織：各1検体
腫瘍組織を用いて樹立したゼノグラフト株：各1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数12 (検体数)
- 疾患
- 子宮内膜がん (C541)
- 試料説明
- 腫瘍組織および腫瘍組織から樹立したゼノグラフト株から抽出したDNA
- 組織PDX (患者由来異種移植)
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- NCC Oncopanel v4
https://www.ncc.go.jp/jp/information/pr_release/2019/0529/index.html - 試薬キット
- KAPA Hyper Prep Kit
SureSelect XT Reagent Kit - 断片化
- 超音波断片化 （Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- WA-MEM
- マッピング品質
- 0以上
- カバレッジ (深度)
- UXE009T-Fr2: 1240.7x
UXE009T2P8-Fr2: 1119.6x
UXE010T-Fr2: 1496.7x
UXE010T3P8-Fr2: 1225x
UXE001T-Fr1: 2039.1x
UXE001P8-Fr1: 1952.7x
UXE004T-Fr1: 2180.5x
UXE004P8-Fr1: 2518.6x
UXE005T-Fr1: 2141.6x
UXE005P8-Fr1: 1830.4x
UXE008T-Fr1: 2337.9x
UXE008P8-Fr1: 2155.6x