データセット ID
JGAD000695
- データの種類
- NGS（CAGE-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 457 GB
- ファイル形式
- BAM
- 研究
- hum0365
- 公開日
- 2023-06-12
- 更新日
- 2023-06-12
- DDBJ Search
- JGAD000695 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000569 (新しいタブで開きます)
解析手法
CAGE-seq
- 材料と対象者
- 健常者：103名
肥満症（ICD10：E669）：98症例
耐糖能異常（ICD10：E11、R730）：97症例 - 健康状態混在
- 対象者数298 (人数)
- 疾患
- 肥満症 (E669)
耐糖能異常 (E11, R730) - 試料説明
- 末梢血単核球より抽出したRNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CAGE-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- nanoCAGE (dual index)
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 50 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- BWA version 0.5.9
- マッピング品質
- rDNAと低クオリティリードはMOIRAI pipelineを用いて除去（Hasegawa et al., BMC Bioinformatics 2014）
- カバレッジ (深度)
- N/A
- カバレッジ (割合)
- N/A