データセット ID
JGAD000682
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 5.6 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- BAI
- CEL
- CSV
- 研究
- hum0030
- 公開日
- 2024-05-13
- 更新日
- 2024-06-18
- DDBJ Search
- JGAD000682 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000560 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 高異型度卵巣漿液性がん（ICD10：C56.12）：78症例
（腫瘍組織82検体、非腫瘍組織78検体）
卵巣明細胞がん（ICD10：C56.14）：78症例
（腫瘍組織78検体、非腫瘍組織78検体） - 健康状態罹患
- 対象者数156 (人数)
- 疾患
- 高異型度卵巣漿液性がん
- 卵巣明細胞がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織（末梢血）から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V4
SureSelect Human All Exon V5 - 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- BWA、Novoalign
- マッピング品質
- MAPQ>20
- カバレッジ (深度)
- 腫瘍: 115.6x
正常: 108.4x
RNA-seq
- 材料と対象者
- 高異型度卵巣漿液性がん（ICD10：C56.12）：77症例
（腫瘍組織77検体） - 健康状態罹患
- 対象者数77 (人数)
- 疾患
- 高異型度卵巣漿液性がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- STAR (V.2.5.2a)
- マッピング品質
- MAPQ>20
- QC・フィルタリング
- N/A
- 解析方法
- Cufflinks（v2.1.1）
- 遺伝子数
- 38,515 genes
- 加工データの種類
- FPKM
メチル化アレイ
- 材料と対象者
- 高異型度卵巣漿液性がん（ICD10：C56.12）：97症例
（腫瘍組織92検体、非腫瘍組織5検体）
卵巣明細胞がん（ICD10：C56.14）：85症例
（腫瘍組織82検体、非腫瘍組織3検体） - 健康状態罹患
- 対象者数182 (人数)
- 疾患
- 高異型度卵巣漿液性がん
- 卵巣明細胞がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織（末梢血）から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Methylation array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit
- プラットフォーム
- Illumina Infinium HumanMethylation450
- QC・フィルタリング
- N/A
- 正規化
- Genome Studio のプロトコルに準拠
- 解析方法
- Genome Studio
- プローブ数
- 485,577
発現アレイ
- 材料と対象者
- 卵巣明細胞がん（ICD10：C56.14）：89症例
（腫瘍組織89検体） - 健康状態罹患
- 対象者数89 (人数)
- 疾患
- 卵巣明細胞がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Expression array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- GeneChip 3' IVT Express Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 Array
- QC・フィルタリング
- N/A
- 解析方法
- GeneChip® Operating Software （GCOS, Affymetrix）