2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2024-05-13
- 更新日
- 2026-04-22
- 研究
- hum0030
- データの種類
- NGS(Exome、RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000560
解析手法
WES
- 材料と対象者
高異型度卵巣漿液性がん(ICD10: C56.12): 78症例 (腫瘍組織82検体、非腫瘍組織78検体) 卵巣明細胞がん(ICD10: C56.14): 78症例 (腫瘍組織78検体、非腫瘍組織78検体)
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2000]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織(末梢血)から抽出したDNA
- ライブラリ構築
SureSelect Human All Exon kit v4、SureSelect Human All Exon kit v5
- 断片化
超音波断片化(Covaris)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp x 2
- マッピング
BWA、Novoalign
- マッピング品質
MAPQ>20
- リファレンス配列
hg19
- カバレッジ
tumor 115.6、normal 108.4
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
5.6 TB(fastq、bam)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
高異型度卵巣漿液性がん(ICD10: C56.12): 77症例 (腫瘍組織77検体)
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2000]
- 試料説明
腫瘍組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp x 2
- 解析方法
Cufflinks(v2.1.1)
- マッピング
STAR (V.2.5.2a)
- マッピング品質
MAPQ>20
- リファレンス配列
hg19
- 遺伝子数
38,515 genes
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
5.6 TB(fastq、bam、csv [FPKM値])
- 利用ポリシー
メチル化アレイ
- 材料と対象者
高異型度卵巣漿液性がん(ICD10: C56.12): 97症例 (腫瘍組織92検体、非腫瘍組織5検体) 卵巣明細胞がん(ICD10: C56.14): 85症例 (腫瘍組織82検体、非腫瘍組織3検体)
- 実験方法
メチル化アレイ
- プラットフォーム
Illumina [Infinium HumanMethylation450 BeadChip]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織(末梢血)から抽出したDNA
- 試薬
Infinium HumanMethylation450 BeadChip
- 解析方法
Genome Studio
- 正規化
Genome Studio のプロトコルに準拠
- プローブ数
485577
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
2.9 GB(txt)
- 利用ポリシー
発現アレイ
- 材料と対象者
卵巣明細胞がん(ICD10: C56.14): 89症例 (腫瘍組織89検体)
- 実験方法
発現アレイ
- プラットフォーム
Affymetrix [GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array]
- 試料説明
腫瘍組織から抽出したRNA
- 試薬
GeneChip® 3' IVT Express Kit
- 解析方法
GeneChip® Operating Software (GCOS, Affymetrix)
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
2.9 GB(CEL)
- 利用ポリシー