データセット ID
JGAD000668
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 10.6 GB
- ファイル形式
- BAM
- 研究
- hum0359
- 公開日
- 2022-08-07
- 更新日
- 2022-08-07
- DDBJ Search
- JGAD000668 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000548 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 節外性NK/T細胞リンパ腫・鼻型（ICD10：C86.0）：67症例
- 健康状態罹患
- 対象者数67 (人数)
- 疾患
- 節外性NK/T細胞リンパ腫・鼻型 (C860)
- 試料説明
- 腫瘍組織より抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- ARID1A、ASXL3、BCOR、CDKN2A、DDX3X、DNMT3A、ECSIT、EP300、FAT4、HDAC9、 IDH1、IDH2、 JAK1、JAK2、JAK3、KMT2C、KMT2D、MGA、MSN、NRAS、STAT1、 STAT3、STAT5A、STAT5B、 STAT6、TET1、TET2、TET3、TP53
- 試薬キット
- xGen Prism DNA Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化 （Covaris M220）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 142 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- CLC Genomics Workbench version 21
- マッピング品質
- N/A
- カバレッジ (深度)
- N/A
- カバレッジ (割合)
- N/A