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NBDC ヒトデータベース

カートに入れたデータセットはありません。

システムメンテナンスに伴い、以下の日程で、NBDCヒトデータベース申請システムならびにヒトデータ審査委員会による審査が停止いたします。
停止期間:2026年10月5日(月) 9:00 ~ 10月7日(水) 15:00
ご迷惑をおかけしますが、どうぞ宜しくお願いいたします。

現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです

2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所(NIG)バイオデータ研究拠点(BSI)ライフサイエンス統合データベース部門(DBCLS)」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします

データセット ID

JGAD000654

データの種類
NGS(WGS)
NGS(RNA-seq)
アクセス制限
制限公開(Type I)
総データ量
812 GB
ファイル形式
  • FASTQ
研究
hum0316
公開日
2022-05-25
更新日
2022-05-25

解析手法

WGS

材料と対象者
食道扁平上皮がん (ICD10:C15.9):81症例(内、71症例はRNA-seqも実施)
腫瘍組織:81検体、非腫瘍組織:81検体
  • 健康状態
    罹患
  • 対象者数
    81 (人数)
疾患
食道扁平上皮がん (C159)
試料説明
食道扁平上皮がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
  • 腫瘍 / 非腫瘍
    混在
試料の入手元
N/A
実験方法
WGS
測定対象
N/A
試薬キット
TruSeq DNA Sample Prep Kit
断片化
超音波断片化(Covaris)
プラットフォーム
Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500
リードタイプ
ペアエンド
リード長
125 bp

RNA-seq

材料と対象者
食道扁平上皮がん (ICD10:C15.9):100 症例(うち71症例はWGSも実施)
腫瘍組織:100 検体
  • 健康状態
    罹患
  • 対象者数
    100 (人数)
疾患
食道扁平上皮がん (C159)
試料説明
食道扁平上皮がん切除切片における腫瘍組織から抽出したRNA
  • 腫瘍 / 非腫瘍
    腫瘍
試料の入手元
N/A
実験方法
RNA-seq
測定対象
N/A
試薬キット
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
断片化
熱処理
プラットフォーム
Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500
リードタイプ
ペアエンド
リード長
127 bp