データセット ID
JGAD000654
- データの種類
- NGS(WGS)
NGS(RNA-seq) - アクセス制限
- 制限公開(Type I)
- 総データ量
- 812 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0316
- 公開日
- 2022-05-25
- 更新日
- 2022-05-25
- DDBJ Search
- JGAD000654 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000535 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 食道扁平上皮がん (ICD10:C15.9):81症例(内、71症例はRNA-seqも実施)
腫瘍組織:81検体、非腫瘍組織:81検体 - 健康状態罹患
- 対象者数81 (人数)
- 疾患
- 食道扁平上皮がん (C159)
- 試料説明
- 食道扁平上皮がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA Sample Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化(Covaris)
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 125 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 食道扁平上皮がん (ICD10:C15.9):100 症例(うち71症例はWGSも実施)
腫瘍組織:100 検体 - 健康状態罹患
- 対象者数100 (人数)
- 疾患
- 食道扁平上皮がん (C159)
- 試料説明
- 食道扁平上皮がん切除切片における腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 127 bp