2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2022-08-05
- 更新日
- 2022-08-05
- 研究
- hum0340
- データの種類
- NGS (WGS、Target Capture)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000520
解析手法
WGS
- 材料と対象者
成人大腸がん(ICD10: C189): 24症例 FFPEの非腫瘍組織: 24 検体 上記24検体とは異なるライブラリ調整法: 4検体 小児網膜芽腫(ICD10: C692): 1症例 FFPE腫瘍組織: 3検体(2つの方法でライブラリ調整、片方は2回実施)
- 実験方法
WGS
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq X Ten]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Thru PLEX DNA-Seq Kit
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100-200 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
175.1 GB(fastq)
- 利用ポリシー
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
成人膠芽腫(ICD10: C719): 2症例 血液: 2検体 凍結腫瘍組織: 2検体(それぞれの症例から1検体ずつ) FFPE腫瘍組織: 8検体(2回ずつ条件変更をして2つの方法でライブラリ調整)
- 実験方法
Target Capture
- ターゲット
12種のがんに共通して変異が観察される127遺伝子(xGen® Pan-Cancer Panel v1.5)
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq X Ten]
- 試料説明
腫瘍組織および末梢血から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Thru PLEX DNA-Seq Kit
- 断片化
超音波断片化(Covaris S220)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
175.1 GB(fastq)
- 利用ポリシー