データセット ID
JGAD000640
- データの種類
- NGS （WGS、Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 175 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0340
- 公開日
- 2022-08-05
- 更新日
- 2022-08-05
- DDBJ Search
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- JGA Study
- JGAS000520 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| xgen-pan-cancer-gene-list.xlsx | 127遺伝子 | 9.8 KB |
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 成人大腸がん（ICD10：C189） ： 24症例
FFPEの非腫瘍組織：24 検体
上記24検体とは異なるライブラリ調整法：4検体
小児網膜芽腫（ICD10：C692）：1症例
FFPE腫瘍組織：3検体（2つの方法でライブラリ調整、片方は2回実施） - 健康状態罹患
- 対象者数25 (人数)
- 年齢層混在
- 疾患
- 成人大腸がん
- 小児網膜芽腫
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- ThruPLEX DNA-Seq Kit
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100–200 bp
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 成人膠芽腫（ICD10：C719）：2症例
血液：2検体
凍結腫瘍組織：2検体（それぞれの症例から1検体ずつ）
FFPE腫瘍組織：8検体（2回ずつ条件変更をして2つの方法でライブラリ調整） - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 年齢層成人
- 疾患
- 成人膠芽腫
- 試料説明
- 腫瘍組織および末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 12種のがんに共通して変異が観察される127遺伝子（xGen® Pan-Cancer Panel v1.5）
- 試薬キット
- ThruPLEX DNA-Seq Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris S220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp