データセット ID
JGAD000500
- データの種類
- NGS（Exome）
NGS（RNA-seq）
NGS（scRNA-seq）
NGS（ChIP-seq）
メチル化アレイ - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.3 TB
- ファイル形式
- BAM
- bigWig
- IDAT
- CSV
- 研究
- hum0315
- 公開日
- 2022-01-14
- 更新日
- 2025-10-28
- DDBJ Search
- JGAD000500 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000385 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 乳児期発症のKMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病 （ICD10：C91.0）：31症例
白血病細胞（腫瘍細胞）と正常血液細胞のペア：計62検体 - 健康状態罹患
- 対象者数31 (人数)
- 年齢層乳幼児
- 疾患
- 乳児期発症のKMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病 (C910)
- 試料説明
- 患者白血病細胞および正常血液細胞から抽出したDNA
- 組織Leukemia cell
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
RNA-seq
- 材料と対象者
- 乳児期発症のKMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病 （ICD10：C91.0）：61症例
乳児KMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病由来細胞株：3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数64 (混在)
- 年齢層乳幼児
- 疾患
- 乳児期発症のKMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病 (C910)
- 試料説明
- 患者白血病細胞および患者由来細胞株から抽出したRNA
- 組織Leukemia cell
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina
TruSeq RNA Library Prep Kit - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100–150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 乳児期発症のKMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病 （ICD10：C91.0）：2症例
- 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 年齢層乳幼児
- 疾患
- 乳児期発症のKMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病 (C910)
- 試料説明
- 患者白血病細胞から抽出したRNA
- 組織Leukemia cell
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- BD Rhapsody WTA Amplification Kit
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- N/A
- リード長
- N/A
ChIP-seq
- 材料と対象者
- 乳児KMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病由来細胞株：3検体
- 健康状態罹患
- 対象者数3 (検体数)
- 年齢層乳幼児
- 試料説明
- 患者由来細胞株から抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体（H3K27ac、H3K4me3）、抗RNAPII抗体、抗KMT2A抗体を用いた免疫沈降
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq ChIP Sample Prep Kit
- 断片化
- 酵素反応（MNase）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 50 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 乳児期発症のKMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病 （ICD10：C91.0）：72症例
- 健康状態罹患
- 対象者数72 (人数)
- 年齢層乳幼児
- 疾患
- 乳児期発症のKMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病 (C910)
- 試料説明
- 患者白血病細胞から抽出したDNA
- 組織Leukemia cell
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- ARHGAP32、CDKN2A、CDKN2B、CHD4、CHD7、COL24A1、DDX10、DNHD1、FGF5、FLT3、IGSF9、 JAG1、KRAS、MED12、NEB、NF1、NRAS、PAX5、PCDH19、PDGFRB、PICALM、PIK3CA、PIK3R1、 PLXNA2、PTPN11、TP53、TTLL4、TUBGCP6、XBP1、XPO1
- 試薬キット
- SureSelect XT Low Input
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
メチル化アレイ
- 材料と対象者
- 乳児期発症のKMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病 （ICD10：C91.0）：84症例
EPIC：25症例
450K：59症例 - 健康状態罹患
- 対象者数84 (人数)
- 年齢層乳幼児
- 疾患
- 乳児期発症のKMT2A遺伝子再構成陽性急性リンパ性白血病 (C910)
- 試料説明
- 患者白血病細胞から抽出したDNA
- 組織Leukemia cell
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Methylation array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit
Infinium MethylationEPIC BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina Infinium HumanMethylation450
Illumina Infinium MethylationEPIC - プローブ数
- EPIC: 866,836 プローブ
485,577 プローブ (450K)