2003年から2017年度にバイオバンク・ジャパンに登録された症例: 1,964名 心筋梗塞(ICD10: I21): 1,765症例 認知症(ICD10: F00-03): 199症例

WGS

Illumina [HiSeq X Five]

末梢血から抽出したgDNA

Picard 2.10.6

GATK 3.7

TruSeq DNA PCR-Free Prep kit

超音波断片化

Paired-end

151 bp

GATK 3.7 HaplotypeCaller

リードのbase qualityが全体的に悪い検体、リード毎の%GCの結果にて異常を示した検体を除去。 Alignment後、Low mapping rate検体、Insert sizeがおかしい検体、メタデータの性別情報とalingment結果より推定される性別情報が不一致な検体、性染色体異常疑いの検体を除去。 Genotyping時に、VQSR、DP/GP filter (DP < 5, GQ < 20, DP > 60 && GQ < 95を除去)、heterozygosity filter (F>=0.05 を除去)、HWE filter (p < 10-6を除去)、Repeat & Low Complexity filterを実施。 1000 genomes projectと合わせたPCAを実施し、日本人クラスタから大きく外れる検体を除外。 その後、Genome-In-A-Bottleプロジェクトから公開されているHighConfidenceRegionリストに記載のある領域のバリアントにフラグを付与。

BWA mem 0.7.12

GATK 3.7 HaplotypeCallerで変異コール時にMAPQ<20のリードを除外

GRCh37/hg19(hs37d5)

心筋梗塞: 15.0x、認知症: 30.0x

76,768,387(常染色体) 2,898,518(X 染色体)

10,202,908(常染色体) 410,435(X 染色体)

JGAD000495(fastq)

188.4 TB(fastq、bam、vcf)

NBDC policy

【JGAD000867】 バイオバンクジャパン1,026名のWGSデータ(JGAD000220)のvcfファイル(WGSデータの分子データは上記参照のこと) 【JGAD000868】 バイオバンクジャパン1,964名のWGSデータ(JGAD000495)のvcfファイル(WGSデータの分子データは上記参照のこと)

WGS解析により検出された変異情報から遺伝型インピュテーションパネルを作成(常染色体およびX染色体上のvariants)

GATK MarkDuplicates(version 4.1.0.0)

GATK HaplotypeCaller -ERC GVCF(version 4.1.0.0) バリアント検出時のパラメータである ploidy は次のように設定した。 常染色体および pseudoautosomal region(PAR) 領域: ploidy=2 X染色体のnon-PAR領域: ploidy=2(女性) および ploidy=1(男性) Y染色体の non-PAR 領域: ploidy=1(男性)

生殖系列(germline)の全ゲノムシークエンスデータの加工を行い、aggregate VCFを計算した。その後、下記の条件でvariantsのフィルタリングを行った。 (1) VQSRフィルタを通過しなかったvariantsの除外 (2) Multi-allelic sitesの除外 (3) Call rate が低い(95%未満)variantsの除外 (4) Hardy-Weinberg平衡から逸脱している(P<1e-10)variantsの除外 (5) Minor allele count(MAC)が小さい(< 2)variantsの除外

bwa mem(version 0.7.15)

GRCh38

Mean ± Standard deviation JGAD000867: 28.70 ± 4.16 JGAD000868: 19.61 ± 5.41

JGAD000867: 17,167,510 variants(常染色体: 16,677,000 variants、X染色体: 490,510 variants) JGAD000868: 21,596,248 variants(常染色体: 21,157,732 variants、X染色体: 438,516 variants)

JGAD000495

JGAD000867: 3.3 GB(vcf.gz) JGAD000868: 6.2 GB(vcf.gz)

NBDC policy

JGAD000867 JGAD000868 加工方法はこちら