データセット ID
JGAD000480
- データの種類
- NGS（Amplicon-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 372 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0303
- 公開日
- 2025-04-10
- 更新日
- 2025-04-10
- DDBJ Search
- JGAD000480 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000366 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0303_ | 各種パネル情報と対象疾患と対象者数 | 250 KB | |
| hum0303_ | panel information and number of subjects | 210 KB |
解析手法
Amplicon-seq
- 材料と対象者
- 悪性腫瘍17種類：108症例
肺がん（ICD10：C349）、卵巣がん（ICD10：C56）、小児がん、骨軟部腫瘍（ICD10：C496）、腎がん（ICD10：C64）、脳腫瘍（ICD10：C719）、膀胱がん（ICD10：C679）、胃がん（ICD10：C169）、十二指腸乳頭部がん（ICD10：C241）、膵がん（ICD10：C259）、大腸がん（ICD10：C20、C180、C187）、食道がん（ICD10：C159）、口腔底がん（ICD10：C049）、舌がん（ICD10：C029）、中咽頭がん（ICD10：C109）、下歯肉がん（ICD10：C031）、肝がん（ICD10：C220）
腫瘍組織および非腫瘍組織：54症例
腫瘍組織のみ：54症例 - 健康状態罹患
- 対象者数108 (人数)
- 疾患
- 肺がん (C349)
卵巣がん (C56)
骨軟部腫瘍 (C496)
腎がん (C64)
脳腫瘍 (C719)
膀胱がん (C679)
胃がん (C169)
十二指腸乳頭部がん (C241)
膵がん (C259)
大腸がん (C20, C180, C187)
食道がん (C159)
口腔底がん (C049)
舌がん (C029)
中咽頭がん (C109)
下歯肉がん (C031)
肝がん (C220) - 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Amplicon-seq
- 試薬キット
- Ion AmpliSeq Library Kit Plus
- 断片化
- PCR
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion S5
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 200 bp