データセット ID
JGAD000480
- データの種類
- NGS（Amplicon-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 372 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0303
- 公開日
- 2025-04-10
- 更新日
- 2025-04-10
- DDBJ Search
- JGAD000480 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000366 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0303_ | 各種パネル情報と対象疾患と対象者数 | 250 KB | |
| hum0303_ | panel information and number of subjects | 210 KB |
解析手法
Amplicon-seq
- 材料と対象者
- 悪性腫瘍17種類：108症例
肺がん（ICD10：C349）、卵巣がん（ICD10：C56）、小児がん、骨軟部腫瘍（ICD10：C496）、腎がん（ICD10：C64）、脳腫瘍（ICD10：C719）、膀胱がん（ICD10：C679）、胃がん（ICD10：C169）、十二指腸乳頭部がん（ICD10：C241）、膵がん（ICD10：C259）、大腸がん（ICD10：C20、C180、C187）、食道がん（ICD10：C159）、口腔底がん（ICD10：C049）、舌がん（ICD10：C029）、中咽頭がん（ICD10：C109）、下歯肉がん（ICD10：C031）、肝がん（ICD10：C220）
腫瘍組織および非腫瘍組織：54症例
腫瘍組織のみ：54症例 - 健康状態罹患
- 対象者数108 (人数)
- 疾患
- 肺がん
- 卵巣がん
- 骨軟部腫瘍
- 腎がん
- 脳腫瘍
- 膀胱がん
- 胃がん
- 十二指腸乳頭部がん
- 膵がん
- 大腸がん
- 食道がん
- 口腔底がん
- 舌がん
- 中咽頭がん
- 下歯肉がん
- 肝がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Amplicon-seq
- 試薬キット
- Ion AmpliSeq Library Kit Plus
- 断片化
- PCR
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion S5
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 200 bp