データセット ID
JGAD000473
- データの種類
- NGS（WGS、Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 13.2 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0291
- 公開日
- 2021-12-10
- 更新日
- 2023-09-08
- DDBJ Search
- JGAD000473 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000359 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 膵腫瘍（ICD10：C25）：33症例
十二指腸腫瘍（ICD10：C170）：2症例
胆道腫瘍（ICD10：C240）：1症例 - 健康状態罹患
- 対象者数36 (人数)
- 疾患
- 膵腫瘍 (C25)
十二指腸腫瘍 (C170)
胆道腫瘍 (C240) - 試料説明
- 凍結検体（腫瘍組織および非腫瘍組織のペア）から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris S2 or E220ev）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
WES
- 材料と対象者
- 膵腫瘍（ICD10：C25）：24症例
十二指腸腫瘍（ICD10：C170）：4症例
胆道腫瘍（ICD10：C240）：10症例 - 健康状態罹患
- 対象者数38 (人数)
- 疾患
- 膵腫瘍 (C25)
十二指腸腫瘍 (C170)
胆道腫瘍 (C240) - 試料説明
- FFPE検体（腫瘍組織および非腫瘍組織のペア）から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Exome Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris S2 or E220ev）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 膵腫瘍（ICD10：C25）：43症例
腫瘍組織 43検体、非腫瘍組織 3検体
十二指腸腫瘍（ICD10：C170）：4症例
腫瘍組織 5検体、非腫瘍組織 1検体
胆道腫瘍（ICD10：C240）：1症例
腫瘍組織 1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数48 (人数)
- 疾患
- 膵腫瘍 (C25)
十二指腸腫瘍 (C170)
胆道腫瘍 (C240) - 試料説明
- 腫瘍組織もしくは非腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Exome
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp