研究 ID
hum0291-v2リリース情報
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研究題目
網羅的ゲノム解析による膵腫瘍ならびに十二指腸腫瘍、胆道腫瘍の本態解明と新規診断・治療法の開発
研究概要
- 目的
- 膵腫瘍、十二指腸腫瘍、胆道腫瘍の網羅的ゲノムプロファイリングによる疾患の病態解明
- 研究方法
- 全ゲノム解析には凍結サンプルからQIAamp DNA Mini Kitを用いて、また、全エクソーム解析にはFFPEサンプルからQIAamp DNA FFPE Tissue Kitを用いてDNAを抽出した。断片化したDNA（1〜2 µg）に対し、全ゲノム解析ではTruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kitを、全エクソーム解析ではTruSeq Exome Library Prep Kit用いてライブラリを調製し、HiSeq 2000/2500にて塩基配列の読み取りを行った。RNAシーケンシングについては、凍結サンプルからIllustra RNAspin Mini RNA Isolation Kitを用いてtotal RNAを抽出した。TruSeq RNA Access Library Prep Kitを用いてライブラリを調製し、HiSeq2500にて塩基配列の読み取りを行った。
- 対象
- 膵腫瘍 57＋6 症例、十二指腸腫瘍 6＋1 症例、胆道腫瘍 11 症例
データセット
| カート | データセット ID | データの種類 | 解析手法 | アクセス制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|---|---|
| JGAD000473 | NGS（WGS、Exome） |
| 制限公開（Type I） | 2021-12-10 |
提供者
- 研究代表者
- 谷内田 真一
- 所属機関
- 大阪大学大学院 医学系研究科 医学専攻 ゲノム生物学講座・がんゲノム情報学
研究プロジェクト情報
| 研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
Elucidation of molecular mechanisms of tumorigenesis and development of diagnoses and treatments based on comprehensive genomic analyses in pancreatic tumors, duodenal tumors and biliary tumors |
助成金情報
| 科研費・助成金名 | 研究課題名 | 研究課題番号 |
|---|---|---|
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 統合的ゲノム解析による消化器神経内分泌がんの本態解明 |
|
関連論文
| タイトル | DOI | データセット ID |
|---|---|---|
Comprehensive Genomic Profiling of Neuroendocrine Carcinomas of the Gastrointestinal System |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | データセット ID |
|---|---|---|---|---|---|
| 谷本 梓 | 金沢大学 がん進展制御研究所腫瘍内科, 金沢大学 | 日本 | 肺大細胞神経内分泌がん (LCNEC) に対する遺伝子プロファイルに基づいた治療戦略の確立 | 2022-04-07 – 2023-10-04 | |
| 山本 拓也 | プレシジョン免疫プロジェクト, 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 | 日本 | 新規がん抗原の同定に基づく消化器がんおよび悪性黒色腫（メラノーマ）に対するワクチン開発基盤研究 | 2024-11-12 – 2026-03-31 | |
| 勝田 絵里子 | 肝胆膵外科, 東京科学大学 | 日本 | 肝胆膵癌の早期発見、進行、予後予測、治療効果予測に関わる因子の研究 | 2025-07-03 – 2027-05-31 |