データセット ID
JGAD000457
- データの種類
- NGS（Iso-seq、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 41.2 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0094
- 公開日
- 2021-10-28
- 更新日
- 2021-10-28
- DDBJ Search
- JGAD000457 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000095 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- トリプルネガティブ乳がん（ICD10：C50）：23症例（うち2症例を再解析[JGAD000457]）
- 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- トリプルネガティブ乳がん
- 試料説明
- 乳がん、肺腺がん、大腸がん、デスモイド腫瘍、肺多形がんおよび唾液腺導管がんの切除標本、凍結検体ならびにFFPE（腫瘍組織）から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
TruSeq RNA Exome - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 乳がん: 100 bp
Iso-seq
- 材料と対象者
- トリプルネガティブ乳がん（ICD10：C50）：14症例
エストロゲン受容体陽性乳がん（ICD10：C50）：8症例 - 健康状態罹患
- 対象者数22 (人数)
- 疾患
- トリプルネガティブ乳がん
- エストロゲン受容体陽性乳がん
- 試料説明
- 乳がんの切除標本（腫瘍組織）から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Iso-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMRTbell Template Prep Kit 1.0
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- PacBio Sequel
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- N/A