データセット ID
JGAD000446
- データの種類
- NGS（WGS、Exome、RNA-seq、Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 7.5 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0094
- 公開日
- 2022-05-17
- 更新日
- 2022-05-17
- DDBJ Search
- JGAD000446 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000335 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 大腸がん（ICD10：C189）：21症例
（WESも実施：3症例、TGSも実施：18症例） - 健康状態罹患
- 対象者数21 (人数)
- 疾患
- 大腸がん
- 試料説明
- 大腸がんの凍結検体（腫瘍組織および非腫瘍組織）から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- 表現型データの有無
- あり
WES
- 材料と対象者
- 大腸がん（ICD10：C189）：128症例（141検体）
- 健康状態罹患
- 対象者数128 (人数)
- 疾患
- 大腸がん
- 試料説明
- 乳がん、肺腺がん、大腸がん、デスモイド腫瘍、および、肺多形がんの切除標本（腫瘍組織およびペア非腫瘍組織）もしくは末梢血（正常組織）から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina
SureSelect Human All Exon V5
SureSelect Human All Exon V6 - 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 大腸がん: 125 bp
150 bp
151 bp - 参照ゲノム
- GRCh37
GRCh38
RNA-seq
- 材料と対象者
- 大腸がん（ICD10：C189）：141症例170検体（凍結腫瘍検体、14症例はRNA-seqのみ実施）
- 健康状態罹患
- 対象者数141 (人数)
- 疾患
- 大腸がん
- 試料説明
- 乳がん、肺腺がん、大腸がん、デスモイド腫瘍、肺多形がんおよび唾液腺導管がんの切除標本、凍結検体ならびにFFPE（腫瘍組織）から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
TruSeq RNA Exome - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 大腸がん: 125 bp
127 bp
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 大腸がん（ICD10：C189）：31症例49検体
- 健康状態罹患
- 対象者数31 (人数)
- 疾患
- 大腸がん
- 試料説明
- 肺多形がん、大腸がん、唾液腺導管がんの凍結検体もしくはFFPE（腫瘍組織およびペア非腫瘍組織）から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- Todai OncoPanel
http://todaioncopanel.umin.jp/ - 試薬キット
- SureSelect Custom
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 大腸がん: 125 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38